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.2008年11月；92(5):279-91.
doi:10.1016/j.ygeno.2008.06.011。 Epub 2008年8月26日。

人和小鼠NFAT基因的选择性剪接和表达

汉娜·维玛 1, 普鲁恩希尔德, 蒂姆穆斯克
附属公司

人和小鼠NFAT基因的选择性剪接和表达

汉娜·维玛等。 基因组学. 2008年11月.

摘要

活化T细胞核因子（NFAT）家族的四个成员（NFATC1、NFATC2、NFATC3和NFATC4）是Ca（2+）调节的转录因子，调节脊椎动物的几个过程，包括免疫、心血管、肌肉骨骼和神经系统的发育和功能。在这里，我们描述了人类和小鼠NFAT基因的结构和选择性剪接，包括NFATC1、NFATC2、NFATC3和NFATC4的新剪接变体，并通过RT-PCR显示了不同NFAT mRNA在不同小鼠和人类组织及大脑区域的表达。我们的结果表明，选择性剪接的NFAT mRNA表达差异，可能有助于NFAT蛋白功能的多样性。由于NFAT家族成员是Ca（2+）调节的，并且在神经元基因转录中对电活动的响应起着关键作用，因此我们描述了NFATC1、NFATC2、NFATC3、，和NFATC4 mRNA在成年小鼠大脑和成年人类海马中的原位杂交，并显示所有NFAT mRNA在小鼠大脑的神经元中表达，每个NFAT具有特定的模式。

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数字

补充图1
补充图1
用MULTALIN编译的选择性剪接变异体翻译的NFAT蛋白亚型的人类N末端区域的比对(http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl？page=npsa_multalin.html). 红色字符表示相同的氨基酸，绿色字符表示氨基酸在所有对齐的序列中保守50%-90%。蓝色字符表示所有序列之间的氨基酸相似。调节结构域中保守的N-末端钙调神经磷酸酶结合位点用黑匣子突出显示。12 aa保护的延伸用红色下划线表示。垂直绿线表示外显子II编码序列的开始。
补充图2
补充图2
用MULTALIN编译的选择性剪接变异体翻译的NFAT蛋白亚型的人类C末端区域的比对(http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl？page=npsa_multalin.html). 红色字符表示相同的氨基酸，绿色字符表示氨基酸在所有对齐的序列中保守50%-90%。蓝色字符表示所有序列之间的氨基酸相似。保守的C末端核定位信号（NLS）用黑框突出显示。含有核输出信号（NES，蓝色方框）的13个氨基酸的保守延伸用红色下划线表示。垂直绿线表示外显子VIII编码序列的结束。
补充图3
补充图3
现场杂交分析NFATc2成年小鼠脑中mRNA的表达。纹状体（A）、丘脑（B）、海马（C和D）和小脑（E和F）水平冠状切片的暗场乳胶自显影。LV，侧脑室；CPu，尾状壳核；CTX，皮层；梨状皮质；Th，丘脑；海马CA1区；海马CA3区；Sc，上丘；Ent，内嗅皮层；下丘脑；中脑导水管周围灰质；Pn，脑桥核；DG，齿状回；CB，小脑；我，髓质。比例尺为1 mm。
图1
图1
人类NFAT基因的结构和替代转录物。人类的结构组织NFATC1、NFATC2、NFATC3、，和NFATC4型通过使用生物信息学和RT-PCR分析基因组和mRNA序列数据确定。外显子显示为方框，内含子显示为线条。外显子上方的数字表示外显子蛋白质编码部分的大小。mRNA的蛋白质编码序列显示为填充框，开框表示mRNA的UTR。内含子下面的数字表示它们的大小。外显子编号以罗马字符显示。星号标记很少使用外显子，很少转录mRNA变体。NES，核出口信号；NLS，核定位信号；DBD，DNA结合域；RHD，Rel同源结构域；Cn，钙调神经磷酸酶A。
图2
图2
半定量分析Nfatc1、Nfatc2、Nfacc3、Nfatch4、，和控制Hprt（小时）通过RT-PCR在不同小鼠大脑区域、指定发育时间点的小鼠大脑和不同小鼠组织中的mRNA表达。
图3
图3
半定量分析NFATC1、NFATC2、NFATC3、NFATC4、，和控件GAPDH公司和高效放射治疗通过RT-PCR在人类不同组织和大脑区域的mRNA表达。
图4
图4
原位杂交分析Nfatc1、Nfatc2、Nfacc3、，和Nfatc4号机组成年小鼠脑中mRNA的表达。丘脑水平的矢状切面（A、C、E和G）和冠状切面（B、D、F和H）的暗场乳胶自显影。切片与探针杂交Nfatc1号机组（A和B），Nfatc2号机组（C和D），Nfatc3号机组（E和F），或Nfatc4号机组（G和H）。Gl，嗅球肾小球层；GrO，嗅球颗粒层；OB，嗅球；Mi，嗅球二尖瓣层；Ctx，皮层；Cpu，尾状壳核；Hc，海马；Th，丘脑；Hth，下丘脑；Mb，中脑；Po，脑桥；Cb，小脑；我，髓质；Am，杏仁核；DG，齿状回。比例尺，1 mm。
图5
图5
原位杂交分析Nfatc1、Nfatc2、Nfacc3、，和Nfatc4号机组成年小鼠脑中mRNA的表达。显示了嗅球（A、D、G和J）、小脑（B、E、H和K）和脉络丛（C、F、I和L）的高倍亮场图像。填充箭头表示一些阳性神经元，一些阴性神经元用未填充箭头标记。切片与探针杂交Nfatc1号机组（A、B和C），Nfatc2号机组（D、E和F），Nfatc3号机组（G、H和I），或Nfatc4号机组（J、K和L）。Gl，嗅球的肾小球细胞层；GrO，嗅球颗粒细胞；Mi，二尖瓣细胞层，PC，Purkinje细胞；小脑颗粒细胞；负极，负极电池。比例尺，50μm。
图6
图6
原位杂交分析NFATC1、NFATC2、NFATC3、，和NFATC4型成人海马mRNA表达。海马水平冠状切片的暗场乳胶自显影。GrDG，齿状回颗粒细胞层；PyCA3、CA3锥体细胞；hf、海马裂。比例尺，1 mm。
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