Proliferating cells express mRNAs with shortened 3' untranslated regions and fewer microRNA target sites

doi:10.1126/science.1155390

.2008年6月20日；320(5883):1643-7.

doi:10.1126/science.1155390。

增殖细胞表达的mRNA具有缩短的3'非翻译区和较少的microRNA靶位点

里卡德·桑德伯格¹, 乔尔·尼尔森, 阿鲁普·萨尔马, 菲利普·A·夏普, 克里斯托弗·B·伯格

附属公司

PMID： 18566288
预防性维修识别码：项目经理2587246
内政部： 10.1126/科学.1155390

增殖细胞表达的信使核糖核酸具有缩短的3'非翻译区和较少的微小核糖核酸靶位点

里卡德·桑德伯格等。科学类. 2008.

.2008年6月20日；320(5883):1643-7.

doi:10.1126/science.1155390。

作者

里卡德·桑德伯格¹, 乔尔·尼尔森, 阿鲁普·萨尔马, 菲利普·A·夏普, 克里斯托弗·B·伯格

附属

¹麻省理工学院生物系，美国马萨诸塞州坎布里奇02139。

PMID： 18566288
预防性维修识别码：项目经理2587246
内政部： 10.1126/科学.1155390

摘要

信使RNA（mRNA）的稳定性、定位和翻译在很大程度上取决于3'非翻译区（3'UTR）的序列。我们发现，在激活原代小鼠CD4+T淋巴细胞后，终止于上游多聚腺苷化位点的mRNA表达保守增加。该程序产生较短的3'UTR，是免疫细胞激活过程中基因表达的特征，并与不同细胞类型和组织的增殖相关。全长3'UTR的强制表达导致蛋白质表达降低。在某些情况下，蛋白质表达的减少可以通过删除可变包含区域中预测的microRNA靶点来逆转。我们的数据表明，基因表达受到协调调节，因此增殖增加的状态与mRNA基于3'UTR的调节能力的广泛降低相关。

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数字

**图1。T淋巴细胞活化48小时后延长的3′UTR区相对表达降低**
**（A）**休息和刺激（48h）T淋巴细胞中串联APA基因的普通和扩展UTR区域表达散点图。远端PAS（蓝色）或近端PAS（红色）引起的亚型表达显著增加（P<0.02，20%FDR）呈有色。插图：变化方向（远侧13，近侧86；P<0.03×10^-14，二项式检验）。**（B）**休息和刺激（48h）T淋巴细胞中互斥3′外显子的相对表达。重大事件（P<0.0031；5%FDR）和插图如（A）所示。**（C）**休息（0h，n个=1768）与激活（48小时，n个=1761）个单元格。差值P<6.6×10^-19,吨-测试。**（D）**所有串联UTR基因的相对表达（激活/休息）以及刺激后（A）的一组重要事件。

**图2。扩展的3′UTR区域的表达减少广泛存在，对人类来说是保守的，并且与增殖相关**
**（A）**小鼠CD4的TLI分析⁺用抗CD3/抗28珠刺激T淋巴细胞（本研究）。**（B）**来自人类CD4的TLI值⁺T细胞、B细胞和单核细胞在指定刺激下激活30小时。**（C）**培养的癌细胞系和匹配的正常组织的TLI值。**（D）**135种不同组织和样品的TLI与增殖指数的相关性（R_秒=皮尔逊；R（右）_第页=斯皮尔曼相关性）。（A-D）中的数据是2-33个重复的平均+/-SD（表S8）。

**图3。扩展的3′UTR区域和miRNA种子匹配产生的差异蛋白表达**
**（A）**转染报告基因构建物编码指示基因的普通和扩展3′UTR亚型的受刺激小鼠T淋巴细胞中的荧光素酶活性(*Cnn3，酸性钙调素3；E4300，推测磷酸二酯酶；Gtf2e2，通用转录因子II E，多肽2；Hip2，Huntingtin相互作用蛋白2；Rab1，Ras相关蛋白Rab1*).（B）普通转录表达的平均表达+/-SD和*臀围2*刺激后48小时的转录本。**（C）**休息和刺激（24小时和48小时）初级CD4中Hip2蛋白的免疫印迹⁺T细胞。Znf207用作加载控制。**（D）**转染所示报告构建物的受刺激初级小鼠T淋巴细胞中荧光素酶活性的恢复百分比（图S9）。**（E）**具有串联APA位点的基因近端和远端PAS亚型中保守的3′UTR miRNA种子的平均匹配数。**（F）**扩展区域平均相对表达式的累积密度图（log₂)激活和增殖相关miRNA的保守靶点（n=64）和非靶点（n=64）(*mir-155，mir-17-92*集群）。**（G）**在具有串联UTR的基因中，当PAS从远端转移到近端时，每个miRNA的mRNA靶点丢失部分的分布在刺激后48小时表达增加或减少。（A）和（D）中的数据是三次测量的平均值+/-SD，代表3-4次独立实验。

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1. 张浩，李俊英，田B.基因组生物学。2005;6:R100。-项目管理咨询公司-公共医学

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[9] 张浩，李俊英，田B.基因组生物学。2005;6:R100。-项目管理咨询公司-公共医学

[10] 张浩，李俊英，田B.基因组生物学。2005;6:R100。-项目管理咨询公司-公共医学

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