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.2008年7月;5(7):621-8.
doi:10.1038/nmeth.1226。 Epub 2008年5月30日。

利用RNA-Seq对哺乳动物转录体进行定位和量化

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利用RNA-Seq对哺乳动物转录体进行定位和量化

阿里·莫塔扎维等。 Nat方法. 2008年7月.

摘要

我们通过对小鼠转录组进行深度测序并记录每个基因在序列样本中出现的频率(RNA-Seq),对其进行了绘图和量化。这为已知和先前未知基因转录本的存在和流行提供了数字测量。我们报告了由4100万到5200万个映射的25-base-pair读取组成的参考测量值,用于从成年小鼠大脑、肝脏和骨骼肌组织中筛选聚(A)RNA。我们使用RNA标准来量化转录物的流行程度,并测试转录物检测的线性范围,该范围跨越五个数量级。尽管90%以上的唯一定位阅读位于已知外显子内,但其余数据表明新的和修订的基因模型,包括改变或额外的启动子、外显子和3'非转录区,以及新的候选microRNA前体。RNA剪接事件不容易通过标准基因表达微阵列或基因表达方法的系列分析来测量,而是通过绘制剪接交叉序列读数来直接检测。我们观察到1.45 x 10(5)个不同的拼接,选择性拼接非常显著,3500个不同的基因表达一个或多个交替的内部拼接。

PubMed免责声明

中的注释

  • 微阵列结束的开始?
    申杜尔J。 申杜尔J。 自然方法。2008年7月;5(7):585-7. doi:10.1038/nmeth0708-585。 自然方法。2008 PMID:18587314 没有可用的摘要。

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