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.2008年6月26日;453(7199):1239-43.
doi:10.1038/nature7002。 Epub 2008年5月18日。

在单核苷酸分辨率下调查的真核转录组的动态库

附属公司

在单核苷酸分辨率下调查的真核转录组的动态库

布莱恩·T·威廉等。 自然. .

摘要

来自几种生物体的最新数据表明,基因组的转录部分比预期的更大、更复杂,转录物的许多功能特性不是基于编码序列,而是基于非翻译区域或非编码RNA的调控序列。替代的起始位点和多聚腺苷化位点以及内含子剪接的调控为丰富的转录输出增加了额外的维度。这种转录复杂性主要是在一种或几种实验条件下使用基于杂交的方法进行采样的。在这里,我们应用互补DNA的直接高通量测序(RNA-Seq),并辅以来自高密度拼接阵列的数据,独立于可用的基因注释,对裂变酵母裂殖酵母pombe的全球转录物进行采样。我们在多种条件下检测转录组,包括快速增殖、减数分裂分化和环境胁迫,以及RNA加工突变体,以揭示转录景观作为环境、发育和遗传因素的动态可塑性。高通量测序被证明是一种强大的定量方法,可以以最大分辨率对转录组进行深度采样。与杂交相比,测序显示很少(如果有的话)背景噪音,并且足够敏感,可以检测到90%以上的基因组中的广泛转录,包括没有强烈转录或快速降解的RNA的痕迹。组合测序和特定于股的阵列数据提供了关于新的、主要是非编码转录物、未翻译区域和基因结构的丰富的条件特异性信息,从而改进了现有的基因组注释。跨越外显子-外显子或外显子/外显子连接的序列读取可以独特地洞察内含子、基因和条件之间剪接效率的惊人差异。剪接效率在很大程度上与转录水平相协调,转录增加导致测试基因剪接增加。数百个内含子在细胞增殖或分化过程中显示出这种受调控的剪接。

PubMed免责声明

中的注释

  • 分子生物学:功率排序。
    格雷夫利BR。 格雷夫利BR。 自然。2008年6月26日;453(7199):1197-8. doi:10.1038/4531197b。 自然。2008 PMID:18580940 免费PMC文章。

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