A spatial dissection of the Arabidopsis floral transcriptome by MPSS

doi:10.1186/1471-2229-8-43

.2008年4月21日：8:43。

doi:10.1186/1471-2229-8-43。

拟南芥花转录组的MPSS空间解剖

杰森·佩弗¹, 谢尔·考希克, Hajime Sakai先生, 马里奥·阿尔泰亚加·瓦兹克斯, 尼迪亚·桑切斯·莱昂, 哈桑·加扎勒, Jean-Philippe Vielle-Calzada女士, 布莱克·梅耶斯

附属公司

PMID： 18426585
预防性维修识别码： PMC2375892型
内政部： 10.1186/1471-2229-8-43

拟南芥花转录组的MPSS空间解剖

杰森·佩弗等。 BMC植物生物学. 2008.

.2008年4月21日：8:43。

doi:10.1186/1471-2229-8-43。

作者

附属

¹美国特拉华大学植物与土壤科学系，纽瓦克，DE 19711。jap333@cornell.edu

PMID： 18426585
预防性维修识别码： PMC2375892型
内政部： 10.1186/1471-2229-8-43

摘要

背景：通过比较大规模平行标记测序（MPSS）数据，我们进一步表征了拟南芥花序中花器官定位基因的表达。从未成熟花序组织中构建了六个RNA序列标签库，并将其与注释拟南芥基因组中各自的位点相匹配。这些特征库调查了野生型组织的花转录组以及花同源变异株，无花瓣1、无花瓣3、无花瓣、超人/无花瓣2倍突变株，以及从野生型花序雌蕊分离的分化胚珠。通过比较和对比这些MPSS花表达库，可以划分富含花瓣、雄蕊、柱头型、雌蕊的转录本，以及预计富含萼片/萼片花瓣、花瓣雄蕊或雌蕊花蕊的那些转录本。

结果：通过对表达文库的比较，共发现572个基因在花序中具有丰富的器官表达。大多数特征性的器官丰富的转录多样性在雌蕊和雄蕊中被发现，而较少的基因表现出萼片或花瓣的局部表达。通过与先前发布的表达数据、原位杂交、启动子-报告子融合和逆转录PCR进行比较，验证计算分析。在我们的转录过滤系统中，许多特征明确的基因被准确描绘出来。此外，经验验证证实了MPSS对几个以前没有特征化表达模式的基因的预测。

结论：这一广泛的MPSS分析证实并补充了先前的微阵列花表达研究，并说明了基于序列调查的表达分析在功能基因组学中的实用性。MPSS和类似方法积累的空间花表达数据将有助于阐明控制花发育的更全面的遗传调控网络。

PubMed免责声明

数字

图1
**MPSS预测的花器官转录多样性**.与我们严格筛选的MPSS表达库中每个富含器官的基因集相匹配的基因数量。

图2
**在具有预期过度表达的同源异型突变体中具有相对于野生型的假定器官富集表达的基因的表达**将富含器官表达的基因的同源突变表达水平与野生型表达进行比较。在每个富含器官的基因集和预期过表达的同源突变中，测定了基因过表达（p<0.05）、表达不足（p<0.05）和相对于野生型无显著差异（p>0.05）的比例。条形图上的值是指每个数据集中的基因数。

图3
**经验验证通过就地杂交**.（A-C）At1g33430（防感探头）(**D-E公司**)（感控探针）在雄蕊和心皮原基上检测到信号，在绒毡层和小孢子中检测到强表达，如MPSS预测的那样。**（F-G）**At2g19070（防感探头）(H）（感觉控制探针）在绒毡层上识别的信号。MPSS预测雄蕊和花瓣的局部表达**（I-J）**At1g54860（反义探针）在柱头乳头、隔膜和发育小孢子上发出信号。MPSS分析预测雄蕊富集。**（K-L）**在四分体的特定小孢子上发现At5g59810（反感探针）瞬态信号。MPSS预测的Carpel-enrichment。**（百万）**隔片上识别的At1g72290（防感探头）信号。MPSS预测位于雄蕊和心皮内。**（N）**At2g42940（防感探头）**（O）**雄蕊和心皮原基上的弱信号。MPSS鉴定为推测的雄蕊富集转录物。**（P）**AP3（防感控制探头）。

图4
**启动子的经验验证：GUS融合**.（A）野生型控制。**（B-E）**截至2013年10月1日**【B】**，收件人：3G27025[中]，地址：2g42940(**【D】**和**[英]**). MPSS靶向雄蕊富集启动子：*GUS公司*.（F-G）地址：1g07370[女]，地址：1g27900【G】.MPSS靶向富含心皮的启动子：*GUS公司*.（H）At1g33430.MPSS靶向雄蕊/心皮富集启动子：*GUS公司*.（I-J）地址：5g07550[我]，At2g19070[日本].MPSS靶向雄蕊/花瓣富集启动子：*GUS公司*.（K）收件人：1g07930.MPSS-*应用程序3*相对于其他突变体，表达丰富。**（左）**At2g35340。MPSS预测无花表达。**（百万）**At1g26270。MPSS支持普遍的花表达。**（N）**见1g68200.MPSS-*应用程序1*唯一的表达。**（O）**地址：2g43100.MPSS-*应用程序3*相对于其他突变体，表达丰富。**（P）**At3g15160。MPSS预测在*供应ap1*突变体。**（问）**收件人：52900.MPSS-*应用程序3*和银丰富的表达。

图5
**启动子赋予的表达模式：与富含胚珠表达的基因相对应的uidA融合和逆转录PCR**.推荐人：*葡糖苷酸酶*融合。除在心皮壁和柱头中表达的At2g47470外，所有品系的其他花器官（萼片、花瓣、雄蕊和雌蕊）中都没有GUS表达（数据未显示）。**（A）**在1g05550；GUS在合点区域的珠被和珠心中表达。**（B）**At5g24420；GUS在胚珠的珠柄和两个珠被中表达。**（C）**见5g49180；GUS在珠被和珠柄中均表达，但在雌配子体中不表达。**（D）**收件人：3G06240；GUS表达于解剖珠被嵴和背外侧珠被的一个小区域。**（E）**At1g27330:GUS在珠孔极和两种珠被中表达。**（F）**预测在胚珠中特异表达的基因的RT-PCR表达。从单个花器官中提取总RNA并用于反转录酶PCR分析。通道1：完全分化胚珠；车道2：花瓣；第三道：萼片。扩增片段大小：At4g04620（231 bp）；At1g19240（250 bp）；At4g27860（235 bp）；At4g14420（209 bp）；At2g42710（223 bp）。

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[9] Tonaco IA、Borst JW、de Vries SC、Angenent GC、Immink RG。MADS-box转录因子相互作用的体内成像。实验植物学杂志。2006年；57:33–42. doi:10.1093/jxb/erj011。-内政部-公共医学

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