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.2008年2月;57(1):131-40.
doi:10.1080/10635150801905535。

物种树与其最可能基因树的不一致性:以五个分类群为例

附属公司

物种树与其最可能基因树的不一致性:以五个分类群为例

诺亚·A·罗森博格等。 系统生物. 2008年2月.

摘要

在物种内进化的合并模型下,基因树可能与物种树有所不同,以至于最有可能沿着物种树分支进化的基因树拓扑可能不符合物种树拓扑。与物种树拓扑相匹配的拓扑相比,更容易生成的基因树拓扑称为异常,而产生异常基因树(AGT)的分支长度空间区域是异常区。我们研究了五个分类群的异常基因树的发生情况,这是每个物种树拓扑都有一个非空异常区的最小数量的分类群。考虑到产生异常基因树的所有分支长度集,物种树中最小分支长度的最大可能值在五分类单元情况下(0.1934合并时间单位)大于之前研究的四分类单元情况(0.1568)。五分类单元案例表明存在三种在四分类单元案例中没有出现的现象。首先,异常基因树可以与物种树具有相同的未标记拓扑。其次,异常带不一定包含以分支长度空间原点为中心的球,其中所有分支都较短。第三,随着分支长度的增加,AGT的数量有可能增加而不是减少或保持不变。这些结果有助于描述异常基因树的属性是如何随着分类群数量的增加而增加复杂性的,这些结果将有助于制定策略,以避免在从多地点数据进行物种树推断时出现异常基因树问题。

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