Selection and validation of a set of reliable reference genes for quantitative sod gene expression analysis in C. elegans

doi:10.1186/1471-2199-9-9

比较研究

.2008年1月22:9:9。

doi:10.1186/1471-2199-9-9。

秀丽线虫定量sod基因表达分析中一组可靠参考基因的选择和验证

大卫·胡格维斯¹, 科恩·霍霍德, 菲利普·马蒂杰森斯, Jo Vandesompele公司, 雅克·范弗特伦

附属公司

PMID： 18211699
预防性维修识别码： PMC2254638型
内政部： 10.1186/1471-2199-9-9

比较研究

秀丽线虫定量sod基因表达分析中一组可靠参考基因的选择和验证

大卫·胡格维斯等。 BMC分子生物学. 2008.

.2008年1月22日9时9分。

doi:10.1186/1471-2199-9-9。

作者

大卫·胡格维斯¹, 科恩·霍霍德, 菲利普·马蒂杰森斯, 乔·范德索佩尔, 雅克·范弗特伦

附属

¹比利时根特B-9000根特大学生物系和分子系统发育与进化中心。David.Hoogewijs@UGent.be

PMID： 18211699
预防性维修识别码： PMC2254638型
内政部： 10.1186/1471-2199-9-9

摘要

背景：在秀丽隐杆线虫中，保守的Ins/IGF-1信号通路调节许多生物过程，包括寿命、应激反应、dauer滞育和代谢。检测差异表达基因可能有助于更好地理解Ins/IGF-1信号通路调节这些过程的机制。适当的标准化是获得基因表达水平准确和可重复量化的必要前提。本研究的目的是为秀丽隐杆线虫的基因表达分析建立一组可靠的参考基因。

结果：采用实时定量PCR方法评价12个候选参考基因（act-1、ama-1、cdc-42、csq-1、eif-3.C、mdh-1、gpd-2、pmp-3、tba-1、Y45F10D.4、rgs-6和unc-16）在野生型、3个Ins/IGF-1途径突变体、dauers和L3期幼虫中的表达稳定性。geNorm分析后，cdc-42、pmp-3和Y45F10D.4显示出最稳定的表达模式，并用于归一化5个sod表达水平。与野生型动物相比，daf-2中sod-1和sod-3的mRNA水平存在显著差异，而在dauers中，sod-1、sod-3、sod-4和sod-5的mRNA表达与第三期幼虫相比存在差异。

结论：我们的研究结果强调了使用稳定表达的参考基因进行精确标准化的重要性。本研究中使用的方法通常适用于使用定量PCR可靠地量化秀丽线虫的基因表达水平。

PubMed免责声明

数字

图1
**成对变化(*V（V）*_无+1)所有三个生物复制实验**。两个连续归一化因子之间的较大差异意味着添加的基因具有显著影响，并且最好包含在归一化系数的计算中。添加了一个4^第个在三次重复试验中，参考基因均未进一步改善正常化因子。

图2
**标准化（Normalized）草地mRNA表达水平**相对表达率是3个重复培养物的平均值。条形图表示平均值的95%置信区间（非重叠区间表示0.05水平的显著差异）。该统计数据是统计显著性的保守标准。全部草地表达水平使用几何平均值进行标准化*cdc-42型*,*pmp-3型*和Y45F10D.4。

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