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.2008年1月14日；180(1):39-50.
doi:10.1083/jcb.200708204。

早期肿瘤发生中的位点特异性和活性无关的基因重新定位

凯伦·梅伯恩（Karen J Meaburn） 1, 汤姆·米斯特利
附属公司

早期肿瘤发生中的位点特异性和活性无关的基因重新定位

凯伦·梅伯恩（Karen J Meaburn）等。 J细胞生物学. .

摘要

哺乳动物基因组在细胞核内高度组织。许多基因和基因组区域的核位置在增殖、分化和疾病等生理过程中发生变化。目前尚不清楚疾病相关的定位改变是专门发生的，还是更多全球基因组重组事件的一部分。在这里，我们分析了一组确定的癌症相关基因在已建立的乳腺癌早期乳腺上皮三维细胞培养模型中的空间位置。我们发现，在正常和致瘤上皮分化过程中，基因组是全局重组的。癌症相关基因空间定位变化的系统绘图揭示了基因特异性定位行为，我们确定了一些在肿瘤发生过程中特异性重新定位的基因。分化和肿瘤发生过程中空间定位模式的改变与基因活性无关。我们的结果表明，在肿瘤形成的早期阶段存在活动无关的基因组重新定位事件。

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数字

图1。
图1。
乳腺上皮分化和早期乳腺肿瘤发生中的核仁。（A） MCF-10.B2细胞用ANA-N抗体染色检测核仁（绿色），用DAPI复染描绘细胞核（蓝色）。显示投影图像堆栈。对于腺泡结构，突出的堆栈大约有一个核厚，取自腺泡的中部。棒材，10μm。（B） 增殖2D培养（第0天）、静止2D培养物（静止）和在三维生长条件下生长20天的细胞中核仁的定量，其中ErbB2组分激活10天（第20天，ErbB2）或不激活（第20天对照）。数值代表至少三个独立实验的平均值±SEM。n个= 270–1,000.
图2。
图2。
正常分化和早期乳腺肿瘤发生过程中的基因定位。在PFA固定、未分化、增殖的2D培养细胞（第0天）和在三维生长条件下生长20天的细胞中检测到指示的基因位点（红色），其中ErbB2组分激活10天（第20天，ErbB2）或未激活（第20日对照）。图中显示了核的投影堆栈。注意与3D培养的细胞相比，第0天的规模差异。棒材，5μm。
图3。
图3。
MEC分化过程中基因的径向分布。使用特定BAC FISH探针在PFA固定细胞中检测基因位点（表一）。（A–K）累积频率图，用于量化MCF-10.B2细胞、增殖的2D培养细胞核（第0天）、在3D培养条件下生长20天后（第20天对照）和静态2D培养（静态）中每个基因的径向分布（RRD）。（五十） 使用1D KS检验对累积径向分布进行成对比较。n个=195–220每BAC每生长条件。
图4。
图4。
致瘤分化过程中特定位点径向分布的定量。（A–K）FISH在三维培养中生长20 d的PFA固定细胞上进行，在最后10 d（第20天，ErbB2）具有组成性激活。显示增殖2D培养物中每个基因的径向分布（RRD）以进行比较（第0天）。使用1D KS检验对累积径向分布进行成对比较。n个=195–220每BAC每生长条件。
图5。
图5。
早期乳腺肿瘤发生过程中位点特异性基因的重新定位。（A–K）量化11个癌相关基因的径向分布（RRD），这些基因在三维培养中生长20天，ErbB2组分激活10天（第20天，ErbB2）或不激活（第20天对照）。使用1D KS检验对累积径向分布进行成对比较。n个=195–220每BAC每生长条件。
图6。
图6。
MEC分化过程中的定量RT-PCR分析。（A） 从生长为标准2D培养物（第0天）、静态2D培养液（静态）和在3D生长条件下生长20天的培养物中获取总RNA，其中ErbB2组分激活10天（第20天，ErbB2）或不激活（第20天控制）。数值代表三个独立实验的平均值±SEM。表达水平标准化为亲环蛋白。（B） 使用t吨测试。
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