A rescue strategy for multimapping short sequence tags refines surveys of transcriptional activity by CAGE

doi:10.1016/j.ygeno.2007.11.003

.2008年3月；91(3):281-8.

doi:10.1016/j.ygeno.2007.11.003。

多重映射短序列标签的拯救策略改进了CAGE对转录活性的调查

杰弗里·福克纳¹, Alistair R R Forrest公司, 阿利斯泰尔·M·白垩, 凯特·施罗德, 吉藏Hayashizaki, 皮耶罗·卡尼奇, 大卫·A·休谟, 肖恩·格里蒙德

附属公司

PMID： 18178374
DOI（操作界面）： 2016年10月10日/j.ygeno.2007.11.003

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多重映射短序列标签的拯救策略改进了CAGE对转录活性的调查

杰弗里·福克纳等。基因组学. 2008年3月.

免费文章

.2008年3月；91(3):281-8.

doi:10.1016/j.ygeno.2007.11.003。

作者

杰弗里·福克纳¹, Alistair R R Forrest公司, 阿利斯泰尔·M·白垩, 凯特·施罗德, 吉藏Hayashizaki, 皮耶罗·卡尼奇, 大卫·A·休谟, 肖恩·格里蒙德

附属

¹澳大利亚昆士兰大学分子生物科学研究所，昆士兰布里斯班4072。g.faulkner@imb.uq.edu.au

PMID： 18178374
DOI（操作界面）： 2016年10月10日/j.ygeno.2007.11.003

摘要

Cap分析基因表达（CAGE）是一种高通量、基于tag的方法，旨在调查带帽全长cDNA的5'端。CAGE以前被用于定义全局转录起始位点的使用和监测哺乳动物的基因活性。迄今为止，CAGE方法的一个缺点是，由于CAGE序列标签映射到多个基因组位置，因此去除了多达40%的CAGE序列标记。在这里，我们讨论了多重映射标签的起源，并提出了一种新的策略，将CAGE标签分配到最可能的源启动子区域。当这种方法应用于FANTOM3 CAGE文库时，CAGE检测到的蛋白质编码小鼠转录框架的百分比从42.9%提高到57.8%（增加了5516个框架），而CAGE与微阵列的相关性没有降低。这些结果表明，通过高通量、基于短序列标记的方法产生的多图标记可以被挽救，从而大大增加单图标记提供的转录组覆盖率。

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