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.2008年1月；18(1):172-7.
doi:10.10101/gr.6984908。 Epub 2007年11月21日。

大规模并行测序的基因表达谱分析

塔蒂亚娜·泰西拉·托雷斯 1, 穆拉利达尔·梅塔, 比吉特·奥滕尔德, 克里斯蒂安·舍特勒
附属公司

大规模并行测序的基因表达谱分析

塔蒂亚娜·泰西拉·托雷斯等。 基因组研究. 2008年1月.

摘要

大规模并行测序技术将SAGE的高通量与EST测序的准确性结合在一起，为表达谱分析提供了广阔的前景。然而，到目前为止，关于当前技术是否适合满足要求的信息非常有限。在此，我们评估了454测序技术用于果蝇表达谱分析的潜力。我们发现短（<80 bp左右）和长（>300-400 bp左右）cDNA片段在454个序列读取中呈现不足。然而，通过雾化产生的3'cDNA片段的测序可以用来克服454测序技术的长度偏差。限制性分析和雾化80-300-bp范围内片段的基因表达测量结果显示出与重复微阵列实验报告的相关性相似（0.83-0.91）；97%的cDNA片段可以明确地映射到基因组DNA，这表明了更长的序列读取的优势。我们的分析表明，454技术在表达谱分析方面有很大的潜力，而高的映射精度表明，应该可以比较不同物种的表达谱。

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数字

图1。
图1。
生成3′cDNA片段的方法概述。使用两种不同的策略之一对双标记cDNA进行片段化：限制性内切酶处理或雾化（步骤三). 3′片段被回收（步骤4)并连接到特定的连接体（步骤5). 然后使用454测序技术对cDNA片段进行测序（步骤6).
图2。
图2。
454个测序读数中短和长3′cDNA片段的低表达。电子消解获得的3′cDNA片段长度的频率分布D.黑腹果蝇转录本（5.1版）以灰色显示。黑线表示从454个测序读取中获得的3′cDNA的频率分布。与454测序获得的实际计数无关，每个转录本只考虑一次。为了比较不同尺度上的两个数据集，将每类中的片段数除以其均方根（Becker等人，1988年）。缩放后，两个样本的平均值为零，标准偏差为一。无论使用哪种限制性内切酶，我们都发现短片段（<～80 bp）和长片段（>～300 bp）的重表达明显不足。
图3。
图3。
雾化后3′cDNA片段在不同大小的全长转录物类别之间的长度分布（根据可用的基因组注释推断）。粗体线表示中间值。下铰链提供25%的分位数，上铰链提供75%的分位数。晶须（虚线）延伸至最大和最小尺寸。未显示异常值。
图4。
图4。
最佳和次佳点击的BLAST比特分数差异的累积分布。虚线、虚线和实线分别表示20、50和100 bp的累积分布。这些图基于454个测序读数，测序读数提供了至少100 bp的序列。BLAST搜索使用5′-最大20、50和100 bp进行。BLAST搜索是针对D.黑腹果蝇基因组序列没有低复杂度的过滤区域。
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