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.2008年1月；36（数据库问题）：D707-14。
doi:10.1093/nar/gkm988。 Epub 2007年11月13日。

合奏2008

P弗利切克 1, B L阿肯, K Beal公司, B球鞋, M卡卡莫, Y Chen先生, L克拉克, G涂层, F坎宁安, T型切割, T向下, S C染色机, T爱, S菲茨杰拉德, J费尔南德斯·班特, S格拉夫, S海德尔, M哈蒙德, R荷兰, K L豪, K豪, N约翰逊, A詹金森, 阿卡哈里, D基夫, F科科辛斯基, E库莱沙, D劳森, I朗登, K梅吉, P梅德尔, B过度, 帕克, B普里查德, 一个Prlic, S大米, D里奥斯, M舒斯特, I西利, G斯莱特, D斯梅德利, G斯普迪奇, S特雷瓦尼翁, A J维莱拉, J沃格尔, S白色, M木材, E伯尼, T考克斯, V科尔文, R杜宾, X M费尔南德斯·苏雷斯, J埃雷罗, T J P哈伯德, A Kasprzyk公司, G普罗克托, J史密斯, A尿素-V型, S塞尔
附属公司

恩森布尔2008

P弗利切克等。 核酸研究. 2008年1月.

摘要

合奏项目(http://www.ensembl.org（英语）)是一个综合基因组信息系统，具有一套完整的基因组注释、数据库和脊索动物和选定的模式生物和疾病载体基因组的其他信息。截至第47版（2007年10月），Ensembl完全支持35个物种，初步支持另外6个物种。去年的新物种包括鸭嘴兽和马。自上次报告以来，Ensembl的主要增加和改进包括以专业功能基因组数据库的形式对功能基因组数据的广泛支持、蛋白质-DNA相互作用的全基因组图和Ensemble调控构建；通过添加用户帐户和用户组，支持Ensembl网络界面的定制；增加对基因组重新测序的支持。我们还引入了新的基于比较基因组的数据挖掘选项，并报告了我们软件基础设施的持续发展。

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数字

图1。
图1。
合奏监管建设和GERP保护轨道。人类10号染色体的一个90kb区域在底部显示蓝色、绿色和灰色的集合调控特征，在顶部显示GERP保守轨迹。请注意，基因相关调控特征与合集转录本和EST转录本的起始区域重叠，表明转录环境复杂。守恒轨迹是一个复合轨迹，默认情况下显示约束元素，展开时显示约束元素和GERP分数。
图2。
图2。
ChIP-ChIP显示。来自Q3UNB7（ENSMUSG00000073442）和A630033E08Rik（ENSMUSG00000059142）基因区域小鼠17号染色体上小鼠胚胎成纤维细胞（29）的组蛋白3赖氨酸三甲基化数据。组蛋白修改显示是一个结合了原始富集值和峰值识别的复合轨迹。包含基因组大区域的显示仅包括确定的峰值区域。
图3。
图3。
SequenceAlignView。小鼠8号染色体上的区域的全屏截图，显示来自129S1/SvImJ、129X1/SvJ和A/J实验室小鼠品系的可用重测序数据（129S1/SvImJ染色被标记为在该区域中没有数据）。页面顶部面板中有许多显示选项，允许用户选择基因组的任何区域，突出显示Ensembl注释、已知SNP的位置和其他信息。底部面板中的重测序比对确定外显子为红色，SNP为黄色。在重新排序对齐的右侧提供了指向各个变量的链接。
图4。
图4。
DAS可视化。人类11号染色体的一个19 Mb区域显示了相同的数据，这些数据以（从上到下）颜色梯度、直方图和平铺数组“摆动”格式显示。颜色渐变格式从黄色（低值）过渡到蓝色（高值）。直方图显示格式支持在整个基因组的箱子中合并数据；显示值可以选择为箱子的平均值（此处显示）或箱子中的最大值，以实现更大的数据对比度。在直方图格式中，数据集中的最小值成为基线。平铺数组格式允许使用重叠的数据点显示正值和负值，从而显示最大数据点。所有三种显示格式都支持内嵌数据规范化。理想的格式取决于要显示的数据。这些示例数据是P（P）-全基因组关联研究的数值（30）。
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    Chen Y、Cunningham F、Rios D、McLaren WM、Smith J、Pritchard B、Spudich GM、Brent S、Kulesha E、Marin-Garcia P、Smedley D、Birney E、Flicek P。 Chen Y等人。 BMC基因组学。2010年5月11日；11:293. doi:10.1186/1471-2164-11-293。 BMC基因组学。2010 PMID：20459805 免费PMC文章。
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    Flicek P、Aken BL、Ballester B、Beal K、Bragin E、Brent S、Chen Y、Clapham P、Coates G、Fairley S、Fitzgerald S、Fernandez-Banet J、Gordon L、Gräf S、Haider S、Hammond M、Howe K、Jenkinson A、Johnson N、Kähäri A、Keefe D、Keenan S、Kinsella R、Kokocinski f、Koscielny G、Kulesha E、Lawson D、Longden I、Massingham T、McLaren W、Megy K、Overduin B、，Pritchard B、Rios D、Ruffier M、Schuster M、Slater G、Smedley D、Spudich G、Tang YA、Trevanion S、Villela A、Vogel J、White S、Wilder SP、Zadisa A、Birney E、Cunningham F、Dunham I、Durbin R、Fernández-Suarez XM、Herrero J、Hubbard TJ、Parker A、Proctor G、Smith J、Searle SM。 Flicek P等人。 《核酸研究》，2010年1月；38（数据库问题）：D557-62。doi:10.1093/nar/gkp972。Epub 2009年11月11日。 2010年核酸研究。 PMID：19906699 免费PMC文章。
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    哈蒙德议员，伯尼·E·。 哈蒙德议员等。 趋势Genet。2004年6月；20(6):268-72. doi:10.1016/j.tig.2004.04.002。 趋势Genet。2004 PMID：15145580 审查。
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参考文献

    1. 国际人类基因组测序联合会。人类基因组的初步测序和分析。自然。2001;409:860–921.-公共医学
    1. Venter JC、Adams MD、Myers EW、Li PW、Mural RJ、Sutton GG、Smith HO、Yandell M、Evans CA等。人类基因组序列。科学。2001;291:1304–1351.-公共医学
    1. Kuhn RM、Karolchik D、Zweig AS、Trumbower H、Thomas DJ、Thakkapallayil A、Sugnet CW、Stanke M、Smith KE等。UCSC基因组浏览器数据库：2007年更新。核酸研究2007；35:D668–D673。-项目管理咨询公司-公共医学
    1. Wheeler DL、Barrett T、Benson DA、Bryant SH、Canese K、Chetvernin V、Church DM、DiCuccio M、Edgar R等。国家生物技术信息中心数据库资源。核酸研究2007；35:D5–D12。-项目管理咨询公司-公共医学
    1. Sherry ST、Ward MH、Kholodov M、Baker J、Phan L、Smigielski EM、Sirotkin K.dbSNP：NCBI遗传变异数据库。2001年《核酸研究》；29:308–311.-项目管理咨询公司-公共医学

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