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.2007年11月1日;23(21):2881-7.
doi:10.1093/bioinformatics/btm453。 Epub 2007年9月19日。

评估标签丰度差异的适度统计检验

附属公司

评估标签丰度差异的适度统计检验

马克·D·罗宾逊等。 生物信息学. .

摘要

动机:数字基因表达(DGE)技术通过计数序列标签来测量基因表达。它们是在基因组尺度上测量基因表达的敏感技术,无需事先了解基因组序列。随着DNA测序成本的降低,预计DGE数据集的数量将急剧增加。对于使用二项式、泊松、负二项式或伪似然(PL)模型进行计数的重复DGE数据,已经提出了各种差异表达测试,但当重复次数非常少时,这些都不可用。

结果:我们开发了使用负二项分布的测试来模拟相对于泊松的过度分散,并使用条件加权似然来调节跨基因的过度分散水平。我们的策略不仅适用于最少数量的库,而且在有更多库可用的情况下,它也比以前的策略更强大。该方法同样适用于其他计数技术,如蛋白质组学光谱计数。

可用性:可以从以下位置访问R包http://bioinf.wehi.edu.au/resources网站/

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