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.2007年9月15日;67(18):8511-8.
doi:10.1158/0008-5472.CAN-07-1016。

454测序法分析多基因启动子DNA甲基化模式

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454测序法分析多基因启动子DNA甲基化模式

克里斯汀·泰勒等。 癌症研究. .
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摘要

我们开发了一种新的方法,用于对临床样本中的DNA甲基化模式进行多样本、多基因、超深亚硫酸氢盐测序分析。采用大规模平行测序-合成法(454测序),在一次测序中直接测序>100个亚硫酸氢盐PCR产物,无需亚克隆。我们通过分析40例以上原代细胞中25个基因相关CpG富集区的甲基化,展示了该方法的实用性、稳健性和优越性,这些原代细胞包括正常外周血淋巴细胞、急性淋巴细胞白血病(ALL)、慢性淋巴细胞白血病(CLL)、滤泡淋巴瘤(FL)和套细胞淋巴瘤(MCL)。共生成294631个序列,平均读取长度为131 bp。平均而言,每个PCR扩增子产生的个体序列超过1600个,远远超过传统亚硫酸氢盐测序分析的少数克隆(<20个)。使用聚类算法在单个DNA分子水平上对CpG甲基化模式进行的综合分析揭示了疾病之间的差异甲基化模式。与CLL和MCL相比,在ALL和FL样品中检测到甲基化显著增加。此外,在ALL和FL样本中检测到甲基化从外周向CpG岛中心逐渐扩散。超深测序还允许同时分析遗传和表观遗传数据,并揭示了单核苷酸多态性与LRP1B启动子甲基化之间的关联。这一新一代甲基组测序将提供单个人类癌症异常DNA甲基化的数字图谱,并为肿瘤亚型的表观遗传学分类提供一种可靠的方法。

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