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.2007:3:124.
doi:10.1038/msb4100163。 Epub 2007年7月10日。

后基因组时代的人类疾病分类：人类病理生物学的复杂系统方法

约瑟夫·洛斯卡尔佐 1, 艾萨克·科哈尼, 艾伯特·拉斯洛·巴拉巴希
附属公司

后基因组时代的人类疾病分类：人类病理生物学的复杂系统方法

约瑟夫·洛斯卡尔佐等。 分子系统生物. 2007.

摘要

现代人类疾病分类源于病理分析和临床综合征之间的观察相关性。以这种方式描述疾病特征，建立了一种迄今为止为临床医生提供良好服务的疾病学，并依赖于观察技能和简单的实验室工具来定义综合征表型。然而，这种由来已久的诊断策略有着显著的缺点，既反映了在确定临床前疾病方面缺乏敏感性，也反映了在明确定义疾病方面缺乏特异性。在本文中，我们关注后者的局限性，认为它反映了许多疾病的不同临床表现（可变表型表达），以及在建立诊断时过度依赖笛卡尔还原论。这一观点的目的是为使用传统还原论并结合系统生物医学的非还原论方法的人类疾病分类新方法提供逻辑基础。

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图1
图1
图表显示遗传和环境因素之间的关联减少，以及它们与中间表型的相互作用，从而产生不同的病理表型。中间表型在一定程度上决定了具有同等潜在遗传或环境暴露倾向于疾病状态的个体之间疾病表达和临床表现的差异。
图2
图2
(一)理论人类疾病网络阐明了病理表型的遗传和环境决定因素之间的关系。关键词：G，原发性疾病基因组或蛋白质组；D、 次生疾病基因组或蛋白质组；一、 中间表型；E、 环境决定因素；PS，导致P的病理生理状态，病理表型。(B类)该理论结构应用于镰状细胞病的示例。关键：红色，初级分子异常；灰色，疾病修饰基因；黄色，中间表型；绿色、环境决定因素；蓝色，病理表型。
图3
图3
疾病的模块化网络表示示例。关键词：G，原发性疾病基因组或蛋白质组；D、 继发性疾病基因组或蛋白质组；E、 环境决定因素；一、 中间表型；P、 病理表型。
图4a
图4a
(一)人类疾病网络。每个节点对应一种按类别（22个类别，如(B类)). 每个节点的大小与导致疾病的基因数量成正比。同一疾病类别中疾病之间的边缘用相同（较浅）的颜色着色，连接不同疾病类别的边缘用灰色着色，边缘的厚度与其连接的疾病共享的基因数量成比例。
图4b
图4b
（B） 疾病基因网络。每个节点都是一个基因，如果与同一疾病有关，则任何两个基因都是相连的。在这个网络图中，每个节点的大小与基因涉及的特定疾病的数量成正比。（经国家学院出版社许可复制；Goh等，正在印刷中。）
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