oPOSSUM: integrated tools for analysis of regulatory motif over-representation

doi:10.1093/nar/gkm427

.2007年7月；35（Web服务器问题）：W245-52。

doi:10.1093/nar/gkm427。 Epub 2007年6月18日。

oPOSSUM：用于分析调控基序过度表达的集成工具

山南J Ho Sui¹, 黛布拉·富尔顿, 大卫·J·阿雷尼拉斯, 安德鲁·特昆, 惠氏W瓦瑟曼

附属公司

PMID： 17576675
预防性维修识别码：项目经理1933229
内政部： 10.1093/nar/gkm427

oPOSSUM：用于分析调控基序过度表达的集成工具

山南J Ho Sui等。核酸研究. 2007年7月.

.2007年7月；35（Web服务器问题）：W245-52。

doi:10.1093/nar/gkm427。 Epub 2007年6月18日。

作者

山南J Ho Sui¹, 黛布拉·富尔顿, 大卫·J·阿雷尼拉斯, 安德鲁·特昆, 惠氏W沃瑟曼

附属

¹加拿大不列颠哥伦比亚大学儿童和家庭研究所分子医学和治疗中心，不列颠哥伦比亚省温哥华。

PMID： 17576675
预防性维修识别码：项目经理1933229
内政部： 10.1093/nar/gkm427

摘要

通过从一组共表达基因中识别过度表达的转录因子结合位点，可以深入了解不同生物背景下的调节机制。oPOSSUM是一个基于互联网的监管研究系统，在这个新版本中已经得到了改进和扩展。新功能包括用于研究秀丽隐杆线虫和布里格斯梭菌之间保守结合位点的蠕虫特异性版本，以及用于分析共表达酿酒酵母基因集的酵母特异性版本。人类和小鼠应用的特点是在正交映射、序列比对和多个替代启动子的描绘方面有所改进。oPOSSUM2是用于分析人类和小鼠基因中过度表达的基序组合的，已与原始oPOSSUM系统集成。现在支持使用用户定义的背景基因集进行分析。转录因子结合位点模型已经更新，包括来自JASPAR数据库的新配置文件。oPOSSUM可在http://www.cisreg.ca/oPOSSUM/

PubMed免责声明

数字

**图1。**
人类和小鼠基因一对一直系同源序列的测定。从EnsEMBL v41（30）下载了一组初始同源物。提取所有注释为“one2one”的同源物。为了从具有‘one2many’或‘many2many”关系的同源物中选择最接近的假定正交对数对，我们使用全基因组人-鼠比对检查上游保守性（6）。我们将明确对齐的同源物重新命名为假定的一对一同源物，将195个基因对添加到我们的集合中，使同源物的总数达到15162个。

**图2。**
使用EnsEMBL注释和CAGE数据组合识别转录起始区域（TSR）。为了改进我们的比对，我们确定了人类和小鼠基因的假定替代TSS。对于每个基因，检索来自EnsEMBL核心基因和EST基因的全部转录本。记录所有转录物的TSS，然后进行聚类步骤，使得彼此500bp内的TSS合并以形成转录起始区（TSR）。对于每个包含注释为“已知”或“新”的转录本的TSR，我们接受TSR的原样。对于仅基于EST基因转录本的TS，我们需要至少5个CAGE标签作为转录起始的证据。

**图3。**
(A类)oPOSSUM人类SSA分析输出的屏幕截图，TFBS资料按Z评分排序。箭头允许用户按Fisher分数、TF名称、TF类、TF超组或TF配置文件信息内容（IC）对结果进行排序和重新排序。每个TF名称都链接到显示TFBS配置文件信息的弹出窗口。(B类)弹出窗口显示包含特定TFBS的基因（在本例中为MEF2A；显示部分列表），以及与每个基因相关的启动子坐标，以及基序位置和得分。重叠的替代启动子中的位点被强调。这些站点在统计分析中只统计一次。

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1. Sandelin A，Wasserman WW公司。转录因子家族中受限制的结合位点多样性增强了模式发现生物信息学。分子生物学杂志。2004;338:207–215.-公共医学

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[5] Urnov FD，钢筋EJ。设计转录因子作为治疗学和功能基因组学的工具。生物化学。药理学。2002;64:919–923.-公共医学

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[8] Luscombe NM、Austin SE、Berman HM、Thornton JM。蛋白质-DNA复合物结构概述。基因组生物学。2000;1:REVIEWS001。-项目管理咨询公司-公共医学

[9] Sandelin A，Wasserman WW公司。转录因子家族中受限制的结合位点多样性增强了模式发现生物信息学。分子生物学杂志。2004;338:207–215.-公共医学

[10] Sandelin A，Wasserman WW公司。转录因子家族中受限制的结合位点多样性增强了模式发现生物信息学。分子生物学杂志。2004;338:207–215.-公共医学

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