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.2007年4月;14(3):360-77.
doi:10.1089/cmb.2006.0109。

计算合并历史

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计算合并历史

诺亚·A·罗森博格. 计算机生物学杂志. 2007年4月.
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摘要

给定一棵物种树和一棵基因树,有效的合并历史是物种树中发生合并的分支的列表。当研究每个物种的一个基因谱系时,我对任意基因树/物种树对存在的有效合并历史的数量进行了递归。通过定义m-扩展合并历史的概念,对这些历史进行枚举和计数,并考虑m=1的特殊情况,得到了结果。当有效合并历史的总和出现在沿固定物种树分支进化的随机基因树具有指定标记拓扑的概率的公式中时,有效合并历史枚举可以大大减少评估此公式所需的工作量。

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