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.2007年8月;51(3):526-36.
doi:10.1111/j.1365-313X.2007.03152.x。 Epub 2007年6月8日。

胱氨酸盐:亚硫酸氢盐测序后植物基因组DNA甲基化分析的新工具

附属公司
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胱氨酸盐:亚硫酸氢盐测序后植物基因组DNA甲基化分析的新工具

詹妮弗·海兹尔等。 J工厂. 2007年8月.
免费文章

摘要

胞嘧啶甲基化是许多真菌、脊椎动物和植物DNA表观遗传信息的标志。亚硫酸氢盐基因组测序技术揭示了序列中每个个体胞嘧啶的甲基化状态,从而提供了表观遗传多样性的高分辨率数据;然而,对大量数据进行手动评估和记录是费力且容易出错的。虽然有一些软件可用于促进哺乳动物DNA甲基化的分析,这种分析几乎只在CG位点发现,但没有一种软件最适合于具有显著非CG甲基化的DNA数据。我们描述了CyMATE(Cytosine Methylation Analysis Tool for Everyone),用于植物DNA亚硫酸氢盐转化后DNA序列的电子分析,其中甲基化在序列上下文和生物相关性方面差异更大。从对齐序列中,CyMATE包括并区分CG、CHG和CHH(其中H=A、C或T)的甲基化,并可以提取关于每个序列和每个位置的一般甲基化和模式特异甲基化的定量和定性数据,即序列中单个位点的数据和样本中的表观遗传差异。此外,它可以在概览或“放大”视图中以pdf文件的形式提供路线的图形输出。详细信息,包括测序数据的质量控制,以文本格式提供。我们将CyMATE应用于二倍体和多倍体拟南芥转录沉默启动子处的DNA甲基化分析,发现显著的超甲基化,甲基化状态的高度稳定性与染色体数目无关,以及mC分布的非冗余模式。CyMATE可在以下地址免费用于非商业用途:http://www.gmi.oew.ac.at/CyMATE。

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