跳到主页面内容
美国国旗

美国政府的官方网站

Dot政府

gov意味着它是官方的。
联邦政府网站通常以.gov或.mil结尾。之前分享敏感信息,确保你在联邦政府政府网站。

Https系统

该站点是安全的。
这个https(https)://确保您连接到官方网站,并且您提供的任何信息都是加密的并安全传输。

访问密钥 NCBI主页 MyNCBI主页 主要内容 主导航
比较研究
.2007年6月;39(6):730-2.
doi:10.1038/ng2047。 Epub 2007年5月21日。

组织特异性转录调控在人类和小鼠之间存在显著差异

附属公司
比较研究

组织特异性转录调控在人类和小鼠之间存在显著差异

邓肯·T·奥多姆等。 自然基因. 2007年6月.

摘要

我们证明,高度保守转录因子的结合位点在人类和小鼠之间差异很大。我们将四种组织特异性转录因子(FOXA2、HNF1A、HNF4A和HNF6)与人和小鼠肝脏纯化肝细胞中4000个同源基因对的结合进行了定位。尽管这些因子具有保守功能,但从41%到89%的结合事件似乎是物种特有的。当同一蛋白质与同源基因的启动子结合时,大约三分之二的结合位点不对齐。

PubMed免责声明

数字

图1
图1
分析小鼠和人类转录因子-DNA相互作用的策略。(A)展板1:共鉴定出约8000个高可信的人类(紫色)和小鼠(橙色)基因同源序列。面板2:60-mer寡核苷酸是针对两个物种中以整套转录起始位点为中心的10千碱基区域设计的(基因组轨道上的彩色框);从最终设计中删除覆盖不完全、寡核苷酸质量低或一个或两个物种中存在大量缺口的同源基因(补充方法)。展板3:使用这些寡核苷酸创建了一个人类5阵列集和一个小鼠4阵列集,捕获每个物种约4000个基因的转录起始位点。(B) 从肝脏样本中分离出小鼠和人类肝细胞,用于染色质免疫沉淀,并与阵列集杂交。(C) 以基因为中心的分析根据同源基因对是否在两个物种(hm)中都不结合,在人类中唯一结合来分类(H(H)m) ,在两个物种中都绑定(HM公司),或在鼠标中唯一绑定(hM(M)). (D) 峰特异性分析根据第二种物种中是否存在相应的对齐区域以及这些对齐区域是否绑定对峰进行分类。人对鼠标和鼠标对人面板中都显示了四种可能的结果:在前三种情况下(i、 ii、iii)对齐的轨迹位于正交曲线的阵列区域。案例(保守的):排列区域在两个物种中都结合在一起;案例ii(ii)(翻转):直向同源基因结合,但不在对齐的基因座上;案例(增益/损耗):在第二物种的阵列区域中未检测到结合,包括对齐序列;案例iv(四)(未对齐):对齐序列在阵列区域内不存在,因此我们无法确定对结合事件进行分类,无论其他物种中是否存在结合事件。
图2
图2
(A) 每个物种中由肝脏主调节器结合的基因数量、由于随机机会导致的跨物种重叠的p值(使用超几何分布)以及人类和小鼠中THEME衍生的结合基序。(B) 结合事件的位置因物种而异。这里,ChIP富集显示为痕迹。每个物种中ChIP峰下的500碱基对序列按物种(紫色人类、橙色小鼠)着色,并使用虚线与第二个物种中的相应序列对齐。为了清楚起见,小鼠ChIP富集显示为负y轴,但转录起始位点的方向是从左到右。IGFPB1在两个物种中都与HNF6结合,但结合事件并不一致。与IGFBP1中小鼠HNF6峰对齐的人类序列包含与人类第一内含子的大部分重叠的大插入(用橙色虚线框勾勒),并且不受HNF6的约束。(C) 共享绑定事件经常出现在不对齐的区域中。从左到右:两个物种中绑定的对齐区域(如彩色方框所示)(图1D,案例); 人类和小鼠阵列上都存在对齐区域,但仅在一个物种中绑定(图1D,案例ii(ii)); 两个物种中的区域结合,但在同源阵列上缺乏对齐序列(图1D,案例iv、,存在结合峰)。通常,在这两个物种中检测到的结合事件中,只有约三分之一发生在相互对齐的序列中(表S3)。

类似文章

引用人

  • 蛋白质低复杂度区域中的指数影响转录物丰度的进化。
    Dickson ZW,Golding GB。 Dickson ZW等人。 分子进化杂志。2024年4月;92(2):153-168. doi:10.1007/s00239-024-10158-z。Epub 2024年3月14日。 分子进化杂志。2024 PMID:38485789
  • 了解物种特异性和保守的RNA-蛋白质相互作用体内在体外.
    Harris SE、Alexis MS、Giri G、Cavazos FF、Murn J、Aleman MM、Burge CB、Dominguez D。 Harris SE等人。 bioRxiv[预印本]。2024年1月30日:2024.01.29.577729。doi:10.1101/2024.01.29.577729。 生物Rxiv。2024 PMID:38352439 免费PMC文章。 预打印。
  • 肝脏类有机物及其在肝癌研究中的应用。
    Song X,Hou K,Zhou H,Yang J,Cao T,Zhang J。 Song X等人。 再生热。2023年12月23日;25:128-137. doi:10.1016/j.reth.2023.12.011。电子采集2024年3月。 再生热。2023 PMID:38226058 免费PMC文章。 审查。
  • 239个灵长类基因组中受限序列元素的鉴定。
    Kuderna LFK、Ulirsch JC、Rashid S、Ameen M、Sundaram L、Hickey G、Cox AJ、Gao H、Kumar A、Aguet F、Christmas MJ、Clawson H、Haeussler M、Janiak MC、Kuhlwilm M、Orkin JD、Bataillon T、Manu S、Valenzuela A、Bergman J、Rouselle M、Silva FE、Agueda L、Blanc J、Gut M、de Vries D、Goodhead I、Harris RA、Raveendran M、Jensen A、Chuma IS、Horvath JE、,Hvilsom C、Juan D、Frandsen P、Schraiber JG、de Melo FR、Bertuol F、Byrne H、Sampaio I、Farias I、Valsecchi J、Messias M、da Silva MNF、Trivedi M、Rossi R、Hrbek T、Andriaholinirina N、Rabarivola CJ、Zaramody A、Jolly CJ、Phillips-Conroy J、Wilkerson G、Abee C、Simmons JH、Fernandez-Duque E、Kanthaswamy S、Shiferaw F、Wu D、Zhou L、Shao Y、,Zhang G、Keyyu JD、Knauf S、Le MD、Lizano E、Merker S、Navarro A、Nadler T、Khor CC、Lee J、Tan P、Lim WK、Kitchener AC、Zinner D、Gut I、Melin AD、Guschanski K、Schierup MH、Beck RMD、Karakikes I、Wang KC、Umapathy G、Roos C、Boubli JP、Siepel A、Kundaje A、Paten B、Lindblad-Toh K、Rogers J、Marques Bonet T、Farh KK。 Kuderna LFK等人。 自然。2024年1月;625(7996):735-742. doi:10.1038/s41586-023-06798-8。Epub 2023 11月29日。 自然。2024 PMID:38030727 免费PMC文章。
  • 黑腹果蝇从头转录物周转动力学的量化和建模。
    Grandchamp A、Czupon P、Bornberg-Bauer E。 Grandchamp A等人。 《核酸研究》2024年1月11日;52(1):274-287. doi:10.1093/nar/gkad1079。 核酸研究2024。 PMID:38000384 免费PMC文章。

工具书类

    1. Bird CP,Stranger BE,Dermitzakis ET。非编码DNA的功能变异和进化。2006年通用操作基因开发;16:559–64.-公共医学
    1. Moses AM等人,《果蝇功能转录因子结合位点的大规模周转》。公共科学图书馆计算生物学。2006:2.-项目管理委员会-公共医学
    1. Prabhakar S、Noonan JP、Paabo S、Rubin EM。人类保守非编码序列的加速进化。科学。2006;314:786.-公共医学
    1. King MC,Wilson AC。人类和黑猩猩两个层面的进化。科学。1975;188:107–16.-公共医学
    1. Boyer LA等。人类胚胎干细胞的核心转录调控电路。单元格。2005;122:947–56.-项目管理委员会-公共医学

出版物类型

LinkOut-更多资源