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.2007年5月8日；104(19):8011-6.
doi:10.1073/pnas.0702431104。 Epub 2007年4月30日。

非编码转录在酵母PHO5基因激活中的作用

杰·普·尤勒 1, 克里斯蒂娜·赫特尔, 杰斯珀·Q·斯韦斯特拉普
附属公司

非编码转录在酵母PHO5基因激活中的作用

杰·普·尤勒等。 美国国家科学院程序. .

摘要

RNA聚合酶II（RNAPII）的非编码或基因间转录在真核生物中非常普遍，但对这种转录的影响仍知之甚少。在这里，我们表明，非编码转录在激活而非抑制酿酒酵母PHO5基因中起作用。即使在没有PHO5 TATA盒的情况下，在激活过程中组蛋白也会从PHO5启动子中排出，这表明启动子重构不需要基因本身的转录。然而，我们发现通过RNAPII破坏转录延伸的突变影响组蛋白从PHO5启动子中清除的动力学。最引人注目的是，RNAPII本身的失活完全消除了驱逐。在抑制条件下，检测到约2.4-kb的非编码外显体降解转录物，该转录物起源于PHO5终止位点附近，并以反义方向转录。这种转录物的消减会延迟染色质重塑和随后的RNAPII在活化时向PHO5募集。我们认为，通过定位核小体的非编码转录可以增强染色质可塑性，从而及时发生染色质重塑和被穿越基因的激活。

PubMed免责声明

利益冲突声明

作者声明没有利益冲突。

数字

图1。
图1。
在被抑制的基因中检测到基因间转录照片5启动子。(A类)总RNA杂交的Northern印迹电话5启动子特异性探针（基因间）和ORF探针(电话5). (左侧)电话5归纳。(赖特)电话5关闭。18S显示为加载控制。(B类)对野生型（WT）或rrp6型在YPD中使用电话5启动子特异性引物（跨UASp2；参见C上部). 最初的逆转录酶步骤是用一个与（反义）互补或与（义）在同一条链上的引物进行的电话5成绩单。年轴表示相对RNA水平（任意单位）。所示结果代表了两个独立的实验。(C上部)的示意图电话5区域（+1表示ORF的第一个碱基；+1404表示最后一个碱基）和用于检测基因间转录的探针（编号）。UASp1和-2以及TATA盒的位置也会显示出来。(C下部)野生型和rrp6型使用以下数字表示的探针从YPD中生长的细胞中提取RNA。用探针2-6检测基因间转录物（在rrp6型).
图2。
图2。
RNAPII活性不需要维持或建立受抑制的启动子染色质。(A类)相对组蛋白H3占有率（H3C ChIP）电话5WT和rpb1-1型如图所示，在23°C或37°C的YPD中生长的细胞。年轴表示组蛋白H3的相对水平（任意单位）。(B类)组蛋白H3相对密度（H3C ChIP）电话5WT和rpb1-1型细胞在建立磷酸盐阻遏过程中。在高磷酸盐（YPD）、无磷酸盐（−Pi，时间=0）和转移至37°C后的不同时间以及在含磷介质（+Pi，不同时间点）中生长的细胞的测量值。YPD中的密度设置为1，所有其他值都是相对于该值表示的。
图3。
图3。
电话5当RNAPII失活时，启动子重构被消除。(A类)组蛋白H3相对密度（H3C ChIP）电话5WT和rpb1-1型37°C下磷酸盐饥饿期间的细胞。(B类)WT和rpb1-1型表达Pho4-GFP融合蛋白的细胞在高磷酸盐中生长，然后转移到37°C缺乏磷酸盐的培养基中。显示了GFP和DAPI荧光。(C类)半乳糖调控的指示区域的相对组蛋白H3密度（H3C-ChIP）电话5v33WT和rpb1-1型37°C下半乳糖诱导期间的细胞。在两者中A类和C类，将时间=0（23°C）时的密度设置为1，所有其他值都是相对于该值表示的。中的示意图C类指示用于测量组蛋白H3密度的PCR产物的位置电话5v33启动子。灰色小球表示Gal4结合位点的位置（取代UASp1和2）。
图4。
图4。
电话5当RNAPII延伸受损时，启动子重构被延迟。(A类)组织中指定区域的相对组蛋白H3密度（H3C ChIP）电话5WT和WT中的启动子（UASp2和TATA）数据集1细胞在磷酸盐饥饿期间，通过或不通过6AU处理抑制RNAPII转录延伸。(B类)如中所示A类，但RNAPII招募到TATA盒（4H8 ChIP）。将时间=0时的“密度”设置为1，并相对于该值表示其他值。
图5。
图5。
取消基因间转录导致速度减慢电话5启动子重塑和RNAPII募集电话5TATA箱。(A上部)的示意图电话5WT和PHO5-3′Δ。URA3公司替换电话5+751–1404（至基因末端）。(A下部)Northern杂交（使用图1中的探针3C类)显示在rrp6型显示了应变的版本。请注意，只有建议零售价6细胞用于B类和C类以及其他解决基因间转录功能后果的实验。(B类)组织中指定区域的相对组蛋白H3占有率（H3C ChIP）电话5WT中的启动子和PHO5-3′磷酸盐饥饿过程中的Δ细胞。(C类)如中所示B类，但RNAPII招募到TATA盒（4H8 ChIP）。将时间=0时的密度设置为1，其他值将相对该值表示。时间=0时，两个菌株的组蛋白密度相似。
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