Functionality or transcriptional noise? Evidence for selection within long noncoding RNAs

doi:10.1101/gr.6036807

比较研究

.2007年5月；17(5):556-65.

doi:10.1101/gr.6036807。 Epub 2007年3月26日。

功能性或转录噪音？长非编码RNA内选择的证据

贾斯米娜·蓬贾维茨¹, 克里斯·蓬廷, 格顿·伦特

附属公司

PMID： 17387145
预防性维修识别码：项目经理1855172
内政部： 10.1101/gr.6036807

比较研究

功能性或转录噪音？长非编码RNA内选择的证据

贾斯米娜·蓬贾维茨等。基因组研究. 2007年5月.

.2007年5月；17(5):556-65.

doi:10.10101/gr.6036807。 Epub 2007年3月26日。

作者

贾斯米娜·蓬贾维茨¹, 克里斯·蓬廷, 格顿·伦特

附属

¹英国牛津大学OX1 3QX生理学、解剖学和遗传学系MRC功能遗传学组。

PMID： 17387145
预防性维修识别码：项目经理1855172
内政部： 10.1101/gr.6036807

摘要

不编码蛋白质的长转录本很少受到实验审查。推测这是由于目前缺乏关于其功能的证据，因此给人的印象是，它们代表“转录噪音”。这里，我们描述了对3122个来自小鼠的长全长非编码RNA（“macroRNAs”）的分析，并将其序列及其启动子与人和大鼠的同源序列进行比较。我们考虑了与替换、序列插入和删除以及剪接相关的净化选择的三个独立特征。我们发现这组非编码RNA的进化与中立主义解释不一致。相反，我们的结果表明，纯化选择作用于宏RNA的启动子、一级序列和共有剪接位点基序。启动子经历了核苷酸替换、插入和缺失的最大消除。这些大分子RNA中保守序列的比例（4.1%-5.5%）与蛋白质编码转录物中外显子的密度（5.2%）相当。这些宏RNA结合在一起，因此具有净化选择的印记，从而表明其功能。我们的发现现在应该为这些宏RNA功能的实验研究提供激励。

PubMed免责声明

数字

**图1。**
大RNA转录物中的核苷酸替换和颠倒率受到抑制。面板显示替代的累积分布(A类,B)和换血率(C,D类)如在macroRNA转录物（红色曲线）上测得的速率，以及在匹配长度的相邻非重叠AR序列（黑色曲线）上测量的速率。(A类)鼠-人替代率；(B)小鼠-大鼠替代率；(C,D类)鼠-人和鼠-大鼠的颠倒率。所有macroRNA比率与假定的中性AR比率有显著差异，且低于后者（Kolmogorov-Smirnov检验，*P（P）*< 10⁻¹⁵适用于所有面板）。与AR序列相比，macroRNAs中的颠倒率受到抑制，这表明这些观察结果并不是AR中高度可变CpG位点密度较高的结果，因为相关突变主要是转换而不是颠倒。

**图2。**
大RNA转录物中未纯化片段的密度。图中显示了10个G+C内容库（横轴）的macroRNA转录物中的IPS密度（红线），以及基于IPS基因间分布的预期密度（黑线；灰色带表示通过随机化获得的95%置信区间；有关详细信息，请参阅方法）。大分子RNA中的IPS密度显著超过G+C匹配的基因间序列中预期的水平，表明过去的纯化选择作用。

**图3。**
大RNA启动子的强保守性。面板显示替代的累积分布(A类,B)和换血率(C,D类)，如在macroRNA转录物的核心假定启动子区域（红色曲线；转录起始点上游0–400 bp）和相同长度的附近AR序列（黑色曲线）上测得的相同速率。与选择性中性AR相比，小鼠macroRNA假定核心启动子区域显示出显著抑制的替换和颠倒率(*P（P）*< 10⁻¹⁵适用于所有面板）。这对老鼠和人类来说都是如此(A类,C)和鼠-鼠(B,D类)比较。

**图4。**
大RNA启动子中未纯化片段的密度。显示了10个G+C含量仓（横轴）的大分子RNA转录物上游400bp区域内的IPS密度（红线），以及基于IPSs基因间分布的预期密度（黑线；灰色带表示95%置信区间）。在假定的核心启动子区域内，IPS密度显著较高。

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