Genome-wide prediction of conserved and nonconserved enhancers by histone acetylation patterns

doi:10.1101/gr.5767907

.2007年1月；17(1):74-81.

doi:10.101克/克5767907。 Epub 2006年11月29日。

组蛋白乙酰化模式对保守和非保守增强子的全基因组预测

大英·卢¹, 刚伟（Gang Wei）, 凯瑟琳·法雷尔, 赵克吉

附属公司

PMID： 17135569
PMCID公司：项目经理1716270
内政部： 10.1101/克5767907

组蛋白乙酰化模式对保守和非保守增强子的全基因组预测

卢泰英等人。基因组研究. 2007年1月.

.2007年1月；17(1):74-81.

doi:10.1101/gr.5767907。 Epub 2006年11月29日。

作者

大英·卢¹, 刚伟（Gang Wei）, 凯瑟琳·法雷尔, 赵克吉

附属

¹美国马里兰州贝塞斯达国立卫生研究院国家心脏、肺和血液研究所分子免疫学实验室，邮编：20892。

PMID： 17135569
PMCID公司：项目经理1716270
内政部： 10.1101/克5767907

摘要

比较基因组研究有助于确定高等真核生物基因组中的转录调控元件，但由于进化变异和比对工具的局限性，许多重要调控元件无法通过此类分析检测到。因此，在本研究中，我们利用表观遗传修饰的高度保守性质来识别潜在的转录增强因子。通过使用高分辨率全基因组定位技术，结合染色质免疫沉淀和基因表达分析的系列分析，我们最近确定了赖氨酸9/14-二乙酰化组蛋白H3在人类T细胞中的分布。我们发现存在46813个组蛋白乙酰化簇区域，称为组蛋白乙酰化岛，其中一些对应于已知的转录调控元件。在本研究中，我们发现人类和河豚之间保守的4679个序列与组蛋白乙酰化岛一致，随机抽样显示其中33%（13/39）可以作为人类Jurkat T细胞的转录增强子。此外，通过比较人类组蛋白乙酰化岛序列和小鼠基因组序列，我们发现尽管这些物种之间的许多区域保持不变，但其中21855个序列并不保守。此外，我们证明约50%（26/51）的这些非融合序列在Jurkat细胞中具有增强子活性，并且除了小鼠T细胞染色质中保守的表观遗传修饰模式外，许多同源小鼠序列也具有增强器活性。因此，通过结合表观遗传修饰和序列数据，我们建立了一种新的全基因组方法，用于识别仅通过比较基因组学无法识别的调控元件。

PubMed免责声明

数字

**图1。**
人类和河豚之间保守序列的分布。(A类)人类-河豚保守序列的分布。相对于人类基因组中最近的RefSeq转录起始位点（TSS）5 kb内的位置，共绘制了14068个保守序列。这个年-轴表示在TSS上游或下游5kb发现的序列数量（50bp窗口大小）。(B类)与组蛋白乙酰化岛相关的人类河豚保守序列的分布。共绘制了2459个与乙酰化岛相关的保守序列，如下所示A类。阴影框表示在TSS的1 kb范围内发现的序列。

**图2。**
人-鼠保守和非保守组蛋白乙酰化岛序列的分布。(A类)绘制了19070个非连续乙酰化岛序列的分布，这些序列与最近的RefSeq TSS 100 kb内的位置相关。这个年-axis表示从TSS中发现的±100 kb的序列数（50-bp窗口大小）。(B类)22796人-鼠保守乙酰化岛序列的分布如图所示A类.

**图3。**
保守和非保守乙酰化岛序列的增强活性分析。(A类)用于测试增强子活性的构建体。每个构造都包含一个包含乙酰化岛序列的1.2kb序列，乙酰化岛是由热休克基因启动子（HS-pr）驱动的荧光素酶报告基因上游克隆的。(B类)在Jurkat细胞中瞬时转染构建物后，39个乙酰化岛序列的报告基因活性在人类和河豚之间保守。相对荧光素酶活性(x个-axis）通过比较测试结构体与未插入假定增强子的类似结构体的荧光素酶活性来确定。施工编号（如补充表S1所示）显示在年-轴。误差线表示平均值的标准偏差。(C类)51个乙酰化岛序列的报告基因活性在人和小鼠之间不保守，如图所示B类。上的构造编号年-轴如补充表S2所述。(D类)增强子分析结果摘要。（AI）乙酰化岛。

**图4。**
增强非连续但相应的小鼠序列的活性。在人Jurkat细胞和小鼠EL4细胞中瞬时转染后，显示了九个非同源小鼠序列的增强子活性。相关增强子活性如图3所示。构件编号(x个-轴）如补充表S4所述。

**图5。**
乙酰化岛序列的组蛋白修饰。(A类)使用人Jurkat细胞中的二乙酰K9/K14组蛋白H3和二甲基K4组蛋白H1抗体进行ChIP分析。序列号见补充表S2。(B类)在小鼠胸腺细胞中使用二乙酰K9/K14组蛋白H3抗体的ChIP测定。补充表S2和S4中描述了序列号。

请参阅PMC中的此图像和版权信息

类似文章

超增强子的比较分析揭示了脊椎动物基因组中的保守元素。
佩雷兹·里科YA、博埃娃V、马洛里AC、比特蒂A、马杰洛S、巴里略E、舒马塔瓦A。 Pérez-Rico YA等人。基因组研究2017年2月；27(2):259-268. doi:10.1101/gr.203679.115。Epub 2016年12月13日。基因组研究2017。 PMID：27965291 免费PMC文章。
转录增强子：从性质到全基因组预测。
Shlyueva D、Stampfel G、Stark A。 Shlyueva D等人。 Nat Rev基因。2014年4月；15(4):272-86. doi:10.1038/nrg3682。Epub 2014年3月11日。 Nat Rev基因。2014 PMID：24614317 审查。
增强生物学和增强疾病。
Smith E，Shilatifard A。 Smith E等人。自然结构分子生物学。2014年3月；21(3):210-9. doi:10.1038/nsmb.2784。自然结构分子生物学。2014 PMID：24599251 审查。
ChromaSig：一种在人类基因组中发现常见染色质特征的概率方法。
尊敬的G、任B、王伟。尊敬的G等人。公共科学图书馆计算生物学。2008年10月；4（10）：e1000201。doi:10.1371/journal.pcbi.1000201。Epub 2008年10月17日。公共科学图书馆计算生物学。2008 PMID：18927605 免费PMC文章。
活性染色质结构域由全基因组作图显示的乙酰化岛定义。
卢天佑、库达帕·S、赵·K。 Roh TY等人。基因发展，2005年3月1日；19(5):542-52. doi:10.1101/gad.1272505。Epub 2005年2月10日。基因开发2005。 PMID：15706033 免费PMC文章。

查看所有类似文章

引用人

GoPeaks：组蛋白修饰峰需要CUT&Tag。
Yashar WM、Kong G、Van Campen J、Curtiss BM、Coleman DJ、Carbone L、Yardimci GG、Maxson JE、Braun TP。 Yashar WM等人。基因组生物学。2022年7月4日；23(1):144. doi:10.1186/s13059-022-02707-w。基因组生物学。2022 PMID：35788238 免费PMC文章。
RefSeq Functional Elements作为非基因参考标准和人类和小鼠的功能相互作用的实验测定。
Farrell CM、Goldfarb T、Rangwala SH、Astashyn A、Ermolaeva OD、Hem V、Katz KS、Kodali VK、Ludwig F、Wallin CL、Pruitt KD、Murphy TD。 Farrell CM等人。基因组研究，2022年1月；32(1):175-188. doi:10.101克/克275819.121。Epub 2021年12月7日。基因组研究2022。 PMID：34876495 免费PMC文章。
中尺度模拟和单核小体追踪揭示了干细胞分化中离合器折叠的重塑和动力学。
宾夕法尼亚州哥梅斯·加西亚、波蒂略·莱德斯马S、内格姆博MV、佩萨雷西M、奥韦斯W、罗利希T、威瑟S、梅索勒E、施利克T、科斯马议员、拉卡达米亚利M。 Gómez-García PA等人。 Cell Rep.2021年1月12日；34(2):108614. doi:10.1016/j.celrep.2020.108614。细胞报告2021。 PMID：33440158 免费PMC文章。
核小体离合器受染色质内部参数调节。
Portillo-Ledesma S、Tsao LH、Wagley M、Lakadamyali M、Cosma MP、Schlick T。 Portillo-Ledesma S等人。分子生物学杂志。2021年3月19日；433(6):166701. doi:10.1016/j.jmb.2020.11.001。Epub 2020年11月9日。分子生物学杂志。2021 PMID：33181171 免费PMC文章。
哺乳动物脑发育过程中，基因组与保守非编码元件的亲缘关系的进化性缺失影响了基因表达动力学。
Bagadia M、Chandradoss KR、Jain Y、Singh H、Lal M、Sandhu KS。 Bagadia M等人。遗传学。2019年4月；211(4):1239-1254. doi:10.1534/genetics.119.301973。Epub 2019年2月22日。遗传学。2019 PMID：30796012 免费PMC文章。

查看所有“引用者”文章

工具书类

1. Aggarwal B.D.、Calvi B.R.和Calvi B.R染色质调节果蝇卵泡细胞的起源活性。自然。2004;430:372–376.-公共医学
1. Aparicio S.、Morrison A.、Gould A.、Gilthorpe J.、Chaudhuri C.、Rigby P.、Krumlauf R.、Brenner S.、Morrison A.、Gould A.、Gilthorpe J.、Chaudhuri C.、Rigby P.、Krumlauf R.、Brenner S.、Gould A.、Gilthorpe J.、Chaudhuri C.、Rigby P.、Krumlauf R.、Brenner S.、Gilthorpe J.、Chaudhuri C.、Rigby P.、Krumlauf R.、Brenner S.、Chaudhuri C.、Rigby P。，Krumlauf R.、Brenner S.、Rigby P.、Krumlaof R.和Brenner S。利用日本河豚的模式基因组检测保守的调控元件。程序。国家。阿卡德。科学。1995;92:1684–1688.-项目管理咨询公司-公共医学
1. Aparicio S.、Chapman J.、Stupka E.、Putnam N.、Chia J.M.、Dehal P.、Christoffels A.、Rash S.、Hoon S.、Smit A.、ChapmanJ、Stupka-E.、Putname N.、Chia J.M.，Dehal P、Christoffels A.、Rash-S.、Hoon S、Smit A、Putnam-N.、Chian S.、Schipka E.、Chia-J.M。，Rash S.，Hoon S.，Smit A.，Chia J.M.，Dehal P.，Christoffels A.，Rash S..，Hoon S.，Smint A.，Dehall P.，Chistoffels A.，Rash-S.，Hoon-S.，Smit A..，Christofels A.，Lash S.、Hoon S..，Smit-A.，Hoong-S.，Schit A.，Hoon S，Smit A，等。全基因组鸟枪组装和红鳍河豚基因组分析。科学。2002;297:1301–1310.-公共医学
1. Barrera L.O.、Ren B.和Ren B.真核细胞的转录调控代码——从染色质组织和转录因子结合的全基因组分析中获得的见解。货币。操作。细胞生物学。2006;18:1–8.-公共医学
1. Bernstein B.E.、Kamal M.、Lindblad-Toh K.、Bekiranov S.、Bailey D.K.、Huebert D.J.、McMahon S.、Karlsson E.K.、Kulbokas E.J.、III、Gingeras T.R.、Kamal.、Lindbald-Toh K、Bekilanov S.，Bailey D.K.、Huebert D.J、McMahon S.、Karlsson E.K.、Kulbokas E.J.、II、Gingeras T.R.，Lindblad Toh K，Bekiranov.S.、Beiley D.K、Hueber D.J.，McMahons S.、。，Karlsson E.K.、Kulbokas E.J.、III、Gingeras T.R.、Bekiranov S.、Bailey D.K.、Huebert D.J.、McMahon S.、Karlsson-EK.、Kulbokas E.J.、Ⅲ、Gingera T.R.，Bailey D.K.、Huebert D.J、McMahon S.、Karlsson E.K.、K.、III、Gingeras T.R、Huebert-DJ.、麦克马洪S.、卡尔松-EK.，Kulbokas-EJ.、III、Gingers T.R。，Kulbokas E.J.、III、Gingeras T.R.、Karlsson E.K.、Kulbokos E.J.，III、Gigeras T.R、Kulbockas E.J.和III、Gingeras T.R.和Gingera T.R.等。人类和小鼠组蛋白修饰的基因组图和比较分析。单元格。2005;120:169–181.-公共医学

出版物类型

行动

MeSH术语

行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动

物质

行动

赠款和资金

美国NIH HHS校内

LinkOut-更多资源

全文源
其他文献来源
- 镜片-专利引文

[1] Aggarwal B.D.、Calvi B.R.和Calvi B.R染色质调节果蝇卵泡细胞的起源活性。自然。2004;430:372–376.-公共医学

[2] Aggarwal B.D.、Calvi B.R.和Calvi B.R染色质调节果蝇卵泡细胞的起源活性。自然。2004;430:372–376.-公共医学

[3] Aparicio S.、Morrison A.、Gould A.、Gilthorpe J.、Chaudhuri C.、Rigby P.、Krumlauf R.、Brenner S.、Morrison A.、Gould A.、Gilthorpe J.、Chaudhuri C.、Rigby P.、Krumlauf R.、Brenner S.、Gould A.、Gilthorpe J.、Chaudhuri C.、Rigby P.、Krumlauf R.、Brenner S.、Gilthorpe J.、Chaudhuri C.、Rigby P.、Krumlauf R.、Brenner S.、Chaudhuri C.、Rigby P。，Krumlauf R.、Brenner S.、Rigby P.、Krumlaof R.和Brenner S。利用日本河豚的模式基因组检测保守的调控元件。程序。国家。阿卡德。科学。1995;92:1684–1688.-项目管理咨询公司-公共医学

[4] Aparicio S.、Morrison A.、Gould A.、Gilthorpe J.、Chaudhuri C.、Rigby P.、Krumlauf R.、Brenner S.、Morrison A.、Gould A.、Gilthorpe J.、Chaudhuri C.、Rigby P.、Krumlauf R.、Brenner S.、Gould A.、Gilthorpe J.、Chaudhuri C.、Rigby P.、Krumlauf R.、Brenner S.、Gilthorpe J.、Chaudhuri C.、Rigby P.、Krumlauf R.、Brenner S.、Chaudhuri C.、Rigby P。，Krumlauf R.、Brenner S.、Rigby P.、Krumlaof R.和Brenner S。利用日本河豚的模式基因组检测保守的调控元件。程序。国家。阿卡德。科学。1995;92:1684–1688.-项目管理咨询公司-公共医学

[5] Aparicio S.、Chapman J.、Stupka E.、Putnam N.、Chia J.M.、Dehal P.、Christoffels A.、Rash S.、Hoon S.、Smit A.、ChapmanJ、Stupka-E.、Putname N.、Chia J.M.，Dehal P、Christoffels A.、Rash-S.、Hoon S、Smit A、Putnam-N.、Chian S.、Schipka E.、Chia-J.M。，Rash S.，Hoon S.，Smit A.，Chia J.M.，Dehal P.，Christoffels A.，Rash S..，Hoon S.，Smint A.，Dehall P.，Chistoffels A.，Rash-S.，Hoon-S.，Smit A..，Christofels A.，Lash S.、Hoon S..，Smit-A.，Hoong-S.，Schit A.，Hoon S，Smit A，等。全基因组鸟枪组装和红鳍河豚基因组分析。科学。2002;297:1301–1310.-公共医学

[6] Aparicio S.、Chapman J.、Stupka E.、Putnam N.、Chia J.M.、Dehal P.、Christoffels A.、Rash S.、Hoon S.、Smit A.、ChapmanJ、Stupka-E.、Putname N.、Chia J.M.，Dehal P、Christoffels A.、Rash-S.、Hoon S、Smit A、Putnam-N.、Chian S.、Schipka E.、Chia-J.M。，Rash S.，Hoon S.，Smit A.，Chia J.M.，Dehal P.，Christoffels A.，Rash S..，Hoon S.，Smint A.，Dehall P.，Chistoffels A.，Rash-S.，Hoon-S.，Smit A..，Christofels A.，Lash S.、Hoon S..，Smit-A.，Hoong-S.，Schit A.，Hoon S，Smit A，等。全基因组鸟枪组装和红鳍河豚基因组分析。科学。2002;297:1301–1310.-公共医学

[7] Barrera L.O.、Ren B.和Ren B.真核细胞的转录调控代码——从染色质组织和转录因子结合的全基因组分析中获得的见解。货币。操作。细胞生物学。2006;18:1–8.-公共医学

[8] Barrera L.O.、Ren B.和Ren B.真核细胞的转录调控代码——从染色质组织和转录因子结合的全基因组分析中获得的见解。货币。操作。细胞生物学。2006;18:1–8.-公共医学

[9] Bernstein B.E.、Kamal M.、Lindblad-Toh K.、Bekiranov S.、Bailey D.K.、Huebert D.J.、McMahon S.、Karlsson E.K.、Kulbokas E.J.、III、Gingeras T.R.、Kamal.、Lindbald-Toh K、Bekilanov S.，Bailey D.K.、Huebert D.J、McMahon S.、Karlsson E.K.、Kulbokas E.J.、II、Gingeras T.R.，Lindblad Toh K，Bekiranov.S.、Beiley D.K、Hueber D.J.，McMahons S.、。，Karlsson E.K.、Kulbokas E.J.、III、Gingeras T.R.、Bekiranov S.、Bailey D.K.、Huebert D.J.、McMahon S.、Karlsson-EK.、Kulbokas E.J.、Ⅲ、Gingera T.R.，Bailey D.K.、Huebert D.J、McMahon S.、Karlsson E.K.、K.、III、Gingeras T.R、Huebert-DJ.、麦克马洪S.、卡尔松-EK.，Kulbokas-EJ.、III、Gingers T.R。，Kulbokas E.J.、III、Gingeras T.R.、Karlsson E.K.、Kulbokos E.J.，III、Gigeras T.R、Kulbockas E.J.和III、Gingeras T.R.和Gingera T.R.等。人类和小鼠组蛋白修饰的基因组图和比较分析。单元格。2005;120:169–181.-公共医学

[10] Bernstein B.E.、Kamal M.、Lindblad-Toh K.、Bekiranov S.、Bailey D.K.、Huebert D.J.、McMahon S.、Karlsson E.K.、Kulbokas E.J.、III、Gingeras T.R.、Kamal.、Lindbald-Toh K、Bekilanov S.，Bailey D.K.、Huebert D.J、McMahon S.、Karlsson E.K.、Kulbokas E.J.、II、Gingeras T.R.，Lindblad Toh K，Bekiranov.S.、Beiley D.K、Hueber D.J.，McMahons S.、。，Karlsson E.K.、Kulbokas E.J.、III、Gingeras T.R.、Bekiranov S.、Bailey D.K.、Huebert D.J.、McMahon S.、Karlsson-EK.、Kulbokas E.J.、Ⅲ、Gingera T.R.，Bailey D.K.、Huebert D.J、McMahon S.、Karlsson E.K.、K.、III、Gingeras T.R、Huebert-DJ.、麦克马洪S.、卡尔松-EK.，Kulbokas-EJ.、III、Gingers T.R。，Kulbokas E.J.、III、Gingeras T.R.、Karlsson E.K.、Kulbokos E.J.，III、Gigeras T.R、Kulbockas E.J.和III、Gingeras T.R.和Gingera T.R.等。人类和小鼠组蛋白修饰的基因组图和比较分析。单元格。2005;120:169–181.-公共医学

将引文保存到文件

电子邮件引文

添加到集合

添加到我的书目

您保存的搜索

为外部引文管理软件创建文件

您的RSS源

组蛋白乙酰化模式对保守和非保守增强子的全基因组预测

附属

组蛋白乙酰化模式对保守和非保守增强子的全基因组预测

作者

附属

摘要

数字

类似文章

引用人

工具书类

出版物类型

MeSH术语

物质

赠款和资金

LinkOut-更多资源

全文源

其他文献来源

摘要

数字

类似文章

引用人

工具书类

出版物类型

MeSH术语

物质

相关信息

赠款和资金

LinkOut-更多资源

全文源

其他文献来源