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.2007年1月;35(数据库问题):D61-5。
doi:10.1093/nar/gkl842。 Epub 2006年11月27日。

NCBI参考序列(RefSeq):基因组、转录物和蛋白质的精选非冗余序列数据库

附属公司

NCBI参考序列(RefSeq):基因组、转录物和蛋白质的精选非冗余序列数据库

金·D·普鲁特等。 核酸研究. 2007年1月.

摘要

NCBI的参考序列(RefSeq)数据库(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/RefSeq网站/)是一个精心策划的非冗余序列集合,代表基因组、转录物和蛋白质。该数据库包括3774种跨越原核生物、真核生物和病毒的生物,并有2879860个蛋白质的记录(RefSeq第19版)。RefSeq记录集成了来自多个来源的信息,当这些来源提供了额外的数据时,因此代表了序列及其特征的当前描述。注释包括编码区、保守域、tRNA、序列标记位点(STS)、变异、参考、基因和蛋白质产品名称以及数据库交叉参考。使用科学界的合作和其他投入、GenBank的预测、传播和NCBI工作人员的管理的组合方法,对序列进行了审查,并添加了特征。所有RefSeq记录的格式都得到了验证,越来越多的测试被用于评估序列和注释的质量,特别是在完整基因组序列的背景下。

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数字

图1
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Entrez查询结果包括来自RefSeq和GenBank(核苷酸查询)或GenPept(蛋白质查询)的记录。(A类)注册MyNCBI的用户可以登录以访问多种服务,包括自定义结果显示。显示屏显示用户pruitt已登录MyNCBI(B类)结果分为选项卡。对“腺苷酸琥珀酸裂解酶”的查询总共返回1545条记录(第一个选项卡),其中715条是RefSeq记录(最后一个选项卡)。该显示说明,在显示中添加了其他选项卡,以报告细菌和链接到NCBI Map Viewer的蛋白质的结果子集。(C类)记录之间计算了大量链接,可以通过默认的“链接”菜单访问,或者如图所示,通过选择选项在MyNCBI中将链接显示为“普通链接”,可以为每个记录显示完整的链接集。指向“PubMed(RefSeq)”的链接'返回与Entrez Gene记录相关的所有出版物,因此可能包含比RefSeq记录上注释的更全面的书目。

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引用人

工具书类

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