跳到主页面内容
美国国旗

美国政府的官方网站

Dot政府

gov意味着它是官方的。
联邦政府网站通常以.gov或.mil结尾。之前分享敏感信息，确保你在联邦政府政府网站。

Https系统

该站点是安全的。
这个https（https）：//确保您连接到官方网站，并且您提供的任何信息都是加密的并安全传输。

访问密钥 NCBI主页 MyNCBI主页 主要内容 主导航
比较研究
.2006年12月；38(12):1378-85.
doi:10.1038/ng1909。 Epub 2006年10月29日。

人类第6、20和22号染色体的DNA甲基化分析

弗洛里安·埃克哈特 1, 乔恩·勒温, 雷内·科尔特斯, 瓦德曼·K·拉基安, 约翰·阿特伍德, 马提亚斯汉堡, 柏恩翰, 托尼·V·考克斯, 罗布·戴维斯, 托马斯·A·唐, 卡罗琳娜·海夫利格, 罗杰·霍顿, 凯文·豪, 大卫·K·杰克逊, 扬·昆德, 克里斯托夫·柯尼格, 詹妮弗·利德尔, 大卫·尼布利特, 托马斯·奥托, 罗杰·佩特特, 斯蒂芬妮·西曼, 克里斯蒂安·汤姆逊, 托尼·韦斯特, 简罗杰斯, 亚历克斯·奥列克, 库尔特·柏林, 斯蒂芬·贝克
附属公司
比较研究

人类第6、20和22号染色体的DNA甲基化分析

弗洛里安·埃克哈特等。 自然基因. 2006年12月.

摘要

DNA甲基化是调节哺乳动物基因组转录可塑性的最稳定的表观遗传修饰类型。使用亚硫酸氢盐DNA测序，我们报告了人类第6、20和22号染色体的高分辨率甲基化图谱，提供了来自12个不同组织的约190万个CpG甲基化值的资源。对六个注释类别的分析表明，进化保守区域是差异DNA甲基化的主要位点，围绕转录起始位点的核心区域是启动子甲基化的信息替代物。我们发现，所分析的873个基因中，17%的5’UTR存在差异甲基化，约三分之一的差异甲基化5’UTRs与转录呈负相关。尽管我们的研究控制了影响DNA甲基化的因素，如性别和年龄，但我们没有发现任何显著的归因效应。我们的数据表明DNA甲基化在个体遗传学上比先前认为的更稳定。

PubMed免责声明

数字

图1
图1。放大器的类型和分布
共分析了6个不同类别的2524个扩增子：5′-非翻译区（5′-UTR）43.7%，进化保守区（ECR）22.5%，内含子区（intronic）14.3%，外显子区（exonic）13.3%，Sp1转录因子结合位点（Sp1）3.6%，Other 2.6%。材料和方法中描述了每个类别的选择标准的详细信息。
图2
图2。染色体22q12.2上的1 Mb区域，说明基因和CpG岛注释背景下的扩增子覆盖
显示了8个扩增子的甲基化曲线示例，并包括不同功能基因的T-DMR示例(OSM，NP_0010001479.1，SMTN公司和185兰特)和超（3）的例子第个左侧剖面）和非甲基化（5第个左侧剖面）CpG岛。行代表不同的样本，并根据组织/细胞类型进行分组。列描述了CpG位点，相应的甲基化值由每个细胞的色码表示（空白细胞表示没有数据）。
图3
图3
（a） 共甲基化与空间距离的相关性。橙色圆点表示超过25000个单独测量值的聚合和平均CpG甲基化值。灰点表示基于随机CpG位置的重新采样的CpG甲基化值。蓝色圆点表示基于扩增子位置重新取样的CpG甲基化值。在大于1000 bp的距离处，CpG甲基化和空间距离之间没有检测到相关性。（b） 细胞类型/组织之间的绝对甲基化差异。配对比较确定匹配CpG的绝对甲基化差异。差异以蓝色到红色进行颜色编码，分别表示甲基化差异为5%到20%。
图3
图3
（a） 共甲基化与空间距离的相关性。橙色圆点表示超过25000个单独测量值的聚合和平均CpG甲基化值。灰点表示基于随机CpG位置重新采样的CpG甲基化值。蓝色圆点表示基于扩增子位置重新取样的CpG甲基化值。在大于1000 bp的距离处，CpG甲基化和空间距离之间没有检测到相关性。（b） 细胞类型/组织之间的绝对甲基化差异。配对比较确定匹配CpG的绝对甲基化差异。差异的颜色编码从蓝色到红色，分别表明甲基化的差异为5%到20%。
图4
图4。转录起始位点CpG甲基化（TSS）
CpG甲基化值被分为两组（每个组包含1000个值），根据它们与TSS的相对距离（橙色点）进行平均和绘图。蓝色圆点表示包含Cawley先前识别的Sp1位点的箱子等..以TSS为中心，约1000 bp的对称核心未甲基化。
图5
图5。全球DNA甲基化与年龄/性别
在两个年龄组（第1组：26岁，SD+/-4岁，第2组：68岁，SD/-8岁，红线）、男性/女性（橙色线）和两个不同的原代细胞（CD4）的三个组织（心肌、骨骼肌、肝脏）中测定了平均甲基化的差异+淋巴细胞、皮肤成纤维细胞、蓝线）。作为对照，对两个年龄组的组织进行重新取样（10000倍），并计算其平均甲基化差异（灰色区域）。对性别差异进行了相同的对照，获得了类似的结果（数据未显示）。X染色体基因作为性别特异甲基化的阳性对照(ELK1型)所用的甲基化差异约为50%（绿线）。虽然初级细胞（蓝线）之间的7.1%差异非常显著，但年龄组（红线）和性别（橙线）之间0.275%和0.1%的差异属于对照组（灰色区域）的差异范围，因此不显著。
图6
图6
（a） 推定T-DMR的相对比例。按每类扩增子的数量标准化后，T-DMR在ECR中的比例最高，基因间和基因内ECR均如此，而位于5′-UTR内的T-DMR的出现频率较低（b） 5′-UTR甲基化与mRNA表达的相关性。显示了2个基因的代表性结果。测定了43个基因和一个阳性对照的表达(肌动蛋白B1)在8种组织/细胞类型中使用逆转录酶（RT）PCR。来自混合组织和细胞系的总RNA作为阳性对照。差异5′-UTR甲基化与mRNA表达呈负相关OSM公司和SERPINB5系列（之前已知其反向相关性），但不适用于TBX18型色码描述了每个基因的5′-UTR甲基化程度（黄色≈0%甲基化，绿色≈50%，蓝色≈100%甲基化）。
图6
图6
（a） 假定T-DMR的相对比例。按每类扩增子的数量标准化后，T-DMR在ECR中的比例最高，基因间和基因内ECR均如此，而位于5′-UTR内的T-DMR的出现频率较低（b） 5′-UTR甲基化与mRNA表达的相关性。显示了2个基因的代表性结果。测定了43个基因和一个阳性对照的表达(肌动蛋白B1)使用逆转录酶（RT）PCR检测8种组织/细胞类型。来自混合组织和细胞系的总RNA作为阳性对照。差异5′-UTR甲基化与mRNA表达呈负相关OSM公司和SERPINB5系列（之前已知其反向相关性），但不适用于TBX18型色码描述了每个基因的5′-UTR甲基化程度（黄色≈0%甲基化，绿色≈50%，蓝色≈100%甲基化）。
图7
图7。人/小鼠同源扩增子之间甲基化的保护
在两个物种的四个组织（皮肤、骨骼肌、心肌和肝脏）中分析了59个同源扩增子（37个ECR（黄色）和22个5′-UTR（灰色））。大多数（69.4%）ECR和5′-UTR扩增子的甲基化差异小于20%，表明显著保守。超甲基化和非甲基化扩增子都显示出相似程度的甲基化保护（数据未显示）。
请参阅PMC中的此图像和版权信息

中的注释

  • 朝向人类表观基因组。
    Brena RM、Huang TH、Plass C。 Brena RM等人。 自然遗传学。2006年12月；38(12):1359-60. doi:10.1038/ng1206-1359。 自然遗传学。2006 PMID：17133218 没有可用的摘要。

类似文章

查看所有类似文章

引用人

  • DNA甲基体反褶积方法的基准测试。
    De Ridder K、Che H、Leroy K、Thienpont B。 De Ridder K等人。 国家公社。2024年5月16日；15(1):4134. doi:10.1038/s41467-024-48466-z。 国家公社。2024 PMID：38755121 免费PMC文章。
  • Gbdmr：通过广义β回归确定人类基因组中差异甲基化的CpG区域。
    吴C，牟X，张浩。 Wu C等人。 BMC生物信息学。2024年3月5日；25(1):97. doi:10.1186/s12859-024-05711-y。 BMC生物信息学。2024 PMID：38443825 免费PMC文章。
  • 神经病理学证实的路易体痴呆患者的差异甲基化分析。
    Reho P、Saez Atienzar S、Ruffo P、Solaiman S、Shah Z、Chia R、Kaivola K、Traynor BJ、Tilley BS、Gentleman SM、Hodges AK、Aarsland D、Monuki ES、Newell KL、Woltjer R、Albert MS、Dawson TM、Rosenthal LS、Troncoso JC、Pletnikova O、Serrano GE、Beach TG、Easwaran HP、Scholz SW。 Reho P等人。 公共生物。2024年1月5日；7(1):35. doi:10.1038/s42003-023-05725-x。 公共生物。2024 PMID：38182665 免费PMC文章。
  • 相互作用分子QTL定位发现了遗传调控效应的细胞和环境修饰因子。
    Kasela S、Aguet F、Kim-Hellmuth S、Brown BC、Nachun DC、Tracy RP、Durda P、Liu Y、Taylor KD、Johnson WC、Van Den Berg D、Gabriel S、Gupta N、Smith JD、Blackwell TW、Rotter JI、Ardlie KG、Manichaikul A、Rich SS、Barr RG、Lappalainen T。 Kasela S等人。 美国人类遗传学杂志。2024年1月4日；111(1):133-149. doi:10.1016/j.ajhg.2023.11.013。 美国人类遗传学杂志。2024 PMID：38181730 免费PMC文章。
  • 使用iNETgrate软件包将DNA甲基化和基因表达数据集成到单个基因网络中。
    Sajedi S、Ebrahimi G、Roudi R、Mehta I、Heshmat A、Samimi H、Kazempour S、Zainulabadeen A、Docking TR、Arora SP、Cigarroa F、Seshadri S、Karsan A、Zare H。 Sajedi S等人。 科学报告2023年12月8日；13(1):21721. doi:10.1038/s41598-023-48237-8。 科学报告2023。 PMID：38066050 免费PMC文章。
查看所有“被引用”文章

工具书类

    1. 国际人类基因组测序协会完成人类基因组的常染色序列。自然。2004;431:931–45.-公共医学
    1. 国际人类基因组测序协会人类基因组的初步测序和分析。自然。2001;409:860–921.-公共医学
    1. Jaenisch R，Bird A.基因表达的表观遗传学调控：基因组如何整合内在和环境信号。自然遗传学。2003;33:245–254.-公共医学
    1. Murrell A，Rakyan VK，Beck S.从基因组到表观基因组。嗯，分子遗传学。2005;14:R3–R10。-公共医学
    1. Jones PA，Martienssen RA。人类表观基因组项目蓝图：AACR人类表观基因研讨会。《癌症研究》，2005年；65:11241–11246.-公共医学

出版物类型

MeSH术语