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.2006年8月25日；126(4):789-99.
doi:10.1016/j.cell.2006.06.049。

核受体表达的解剖学特征揭示了一个层级转录网络

Angie L预订 1, Yangsik Jeong先生, 迈克尔·唐斯, 露丝·T·余, 罗纳德·M·埃文斯, 大卫·J·曼格尔斯多夫
附属公司

核受体表达的解剖学特征揭示了一个层级转录网络

Angie L预订等。 单元格. .

摘要

在多细胞生物中，调节生殖、发育和营养利用的能力与核受体（NRs）的进化一致，核受体是利用亲脂配体调节其功能的转录因子。研究NRs的表达谱提供了一种简单而有效的方法，可以获得关于其作为单个蛋白质和超家族的生理功能的高度相关信息。我们调查了所有49个小鼠NR mRNA在39个组织中的表达，这些组织代表不同的解剖系统。由此产生的数据集揭示了几个NR分支，它们的表达模式表明它们有能力协调影响不同生理通路所必需的转录程序。值得注意的是，这个调控网络沿着以下两个生理范式进行划分：（1）生殖、发育和生长；（2）营养吸收、代谢和排泄。这些数据揭示了一个层次化的转录回路，它延伸到单个组织之外，形成了一个在生物体尺度上控制生理学的巨大网络。

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数字

图1。
图1.C57/BL6小鼠核受体mRNA的分布
（A） 饼图中显示了各种组织中的NR数量，其名称显示在右侧的表格中。根据其组织分布，NRs被分为三类：限制性（在50%以下的组织中表达）、广泛性（在超过50%但并非所有组织中表达的）和在所有组织中（在100%的组织中表示）。（B） 饼图显示了不同组织系统中NR的表达水平，其名称显示在右侧的表格中。如果Ct值≥34，则标准化NR mRNA-表达水平定义为无；如果水平低于0.1个任意单位，则定义为低；如果水平介于0.1和1之间，则为中等；如果水平>1.0个任意单位则定义为高。组织系统分类如下：中枢神经系统（眼睛、脑干、小脑、大脑、纹状体、嗅球、脊髓、下丘脑和垂体）；非生产性内分泌系统（肾上腺、甲状腺和胰腺）；胃肠系统（舌、胃、十二指肠、空肠、回肠、结肠和胆囊）；代谢系统（肝脏、肾脏、棕色和白色脂肪以及肌肉）；免疫系统（脾脏和胸腺）；生殖系统（卵巢、子宫、附睾、包皮腺、前列腺、精囊、睾丸和输精管）；心血管系统（主动脉、心脏和肺）；和结构系统（骨骼和皮肤）。注意，除卵巢和子宫外，其他组织均来自雄性小鼠（n=6）。星号（*）表示NRs具有强烈的昼夜节律表达，并且在分析时最低（参见Yang等人2006年在本期杂志中的随附手稿单元格).
图2。
图2核受体相对于组织表达模式的无监督层次聚类
如实验程序所述，使用Matrix 1.28软件，通过无监督分层聚类法评估C57/BL6小鼠NR超家族的mRNA组织分布情况。单个NR分为两个主簇（标记为I和II）和六个子簇（标记有IA、IB、IC、IIA、IIB和IIC），定义了高阶功能关系。为清晰起见，NR簇的树状图采用彩色编码。星号（*）表示具有强烈昼夜节律表达且在分析时最低的NRs。
图3。
图3核受体的组织选择性表达定义了一组常见的调控队列
仅限于特定组织系统的NRs表达意味着存在共同的转录机制来调节其表达。显示了C57/Bl6小鼠胃肠系统（A）、中枢神经系统（B）和类固醇生成组织（C）中表达的NRs的示例。星号（*）表示NRs具有强烈的昼夜节律表达，并且在分析时最低。显示了重复实验的代表。数值绘制为三次测量的平均值±标准偏差误差棒。
图4。
图4.生理学的核受体环
受体表达、功能和生理学之间的关系使用图2中获得的NR组织表达分布曲线的分层、无监督聚类描述为圆形树状图。分析表明，存在一个高阶网络，将核受体功能与生殖、发育、中枢和基础代谢功能、饮食-脂质代谢和能量稳态联系在一起。
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