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.2005年7月7日;109(26):12990-6.
doi:10.1021/jp050162n。

两性离子十二烷基磷胆碱胶束中螺旋抗菌肽奥维螺啉-1的分子动力学模拟:对宿主细胞毒性的见解

附属公司

两性离子十二烷基磷酸胆碱胶束中螺旋抗菌肽ovispirin-1的分子动力学模拟:对宿主细胞毒性的认识

希曼舒·坎德利亚等。 物理化学杂志B. .

摘要

我们对两性离子二磷酸胆碱(DPC)胶束中螺旋抗菌肽ovispirin-1(OVIS)进行了40-ns全原子分子动力学模拟。由于存在类似于膜磷脂的胆碱头部基团,DPC胶束可作为细胞膜的经济有效模型。OVIS最初沿着胶束直径放置,扩散到水-DPC界面,模拟在40 ns内稳定到界面-边界稳态。在此过程中,肽的螺旋含量略有增加。OVIS的最终构象、取向和结构与在由75%两性离子脂质组成的脂质双层存在下实验观察到的肽性质非常一致。两亲性肽与胶束结合,其疏水面埋入胶束核心,极性侧链伸入水相。大量证据表明疏水残基在两性离子界面的结合中起着重要而不可或缺的作用。模拟从一个构象开始,该构象对肽的最终实验已知结合状态没有偏见。尽管有这种起始构象,但模型仍能再现实验结合态,这是令人鼓舞的。

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