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.2006年7月1日；34（Web服务器问题）：W369-73。
doi:10.1093/nar/gkl198。

MEME：发现和分析DNA和蛋白质序列基序

蒂莫西·L·贝利 1, 纳迪亚·威廉姆斯, 克里斯·米斯利, 威尔弗雷德·W·李
附属公司

MEME：发现和分析DNA和蛋白质序列基序

蒂莫西·L·贝利等。 核酸研究. .

摘要

MEME（Multiple EM for Motif Elicitation）是在生物序列集合中搜索新“信号”的最广泛的工具之一。应用包括发现新的转录因子结合位点和蛋白质结构域。MEME的工作原理是搜索用户提供的DNA或蛋白质序列中出现的重复、未映射的序列模式。用户可以通过国家生物医学计算资源托管的web服务器执行MEME搜索(网址：http://meme.nbcr.net)和几个镜像站点。通过同一个网络服务器，用户还可以访问Motif Alignment和Search Tool，在序列数据库中搜索与几种流行格式编码的图案的匹配。通过点击MEME输出中的按钮，用户可以将其输入序列中发现的图案与已知图案的数据库进行比较，搜索序列数据库中与图案匹配的图案，并以各种格式显示图案。本文描述了可自由访问的web服务器及其体系结构，讨论了如何有效地使用MEME在生物序列中发现新的序列模式并分析其意义。

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数字

图1
图1
MEME输出示例。MEME HTML输出表单的这一部分显示了MEME在输入序列中发现的蛋白质基序。标识为属于该基序的位置被指明，其上方是基序的“一致性”和一个彩色编码条形图，显示基序中每个位置的守恒性。屏幕截图的底部可以看到一些超链接按钮，这些按钮允许以其他方式查看和分析图案。
图2
图2
蛋白质基序LOGO。LOGOS是一种图案可视化工具。字母的高度表示其在给定位置的相对频率(x个-轴）在图案中。
图3
图3
在NBCR web服务器上使用MEME。该图显示了自2000年12月以来每月向NBCR MEME网络服务器提交作业的不同用户数量。2006年3月的使用数据仅包括截至3月20日的数据。
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