Integrative genomics identifies distinct molecular classes of neuroblastoma and shows that multiple genes are targeted by regional alterations in DNA copy number

doi:10.1158/0008-5472.CAN-05-4618

.2006年6月15日；66(12):6050-62.

doi:10.1158/0008-5472.CAN-05-4618。

综合基因组学确定了神经母细胞瘤的不同分子类别，并显示DNA拷贝数的区域性改变以多个基因为靶点

附属公司

PMID： 16778177
内政部： 10.1158/0008-5472.CAN-05-4618

综合基因组学确定了神经母细胞瘤的不同分子类别，并显示DNA拷贝数的区域性改变以多个基因为靶点

Qun Wang（王群）等。癌症研究. 2006.

.2006年6月15日；66(12):6050-62.

doi:10.1158/0008-5472.CAN-05-4618。

附属

¹美国宾夕法尼亚州费城儿童医院肿瘤科，邮编：19104-4399。

PMID： 16778177
内政部： 10.1158/0008-5472.CAN-05-4618

摘要

神经母细胞瘤因其临床异质性而引人注目，其特征是基因组改变与肿瘤行为密切相关。影响神经母细胞瘤生物学并被基因组改变靶向的特定基因在很大程度上仍然未知。我们使用基于寡核苷酸的微阵列对101个前瞻性收集的诊断性神经母细胞瘤原发性肿瘤中的mRNA表达进行了定量。通过PCR检测预测相关基因座1p36、2p24（MYCN）、11q23和17q23的基因组拷贝数状态，分别在26、20、40和38例患者中异常。此外，在不同实验室检测的72个诊断性神经母细胞瘤原发肿瘤被用作独立验证集。无监督的层次聚类分析表明，基因表达与基因组改变和肿瘤行为的临床标志物高度相关。绝大多数MYCN扩增和1p36杂合性缺失（LOH）的样本聚集在样本树状图的末端节点上，而大多数11q缺失的样本分别聚集在一起，这两者与肿瘤的拷贝数中性组有很大不同。参与神经发育的基因在更良性的肿瘤中普遍过度表达，而参与RNA处理和细胞增殖的基因在最恶性的肿瘤中高度表达。通过结合转录组学和基因组数据，我们发现1p和11q的LOH分别与映射到1p35-36和所有11q的122（61%）和88（27%）基因的表达显著降低有关，这表明LOH事件可能以多个基因为靶点。在独立验证数据集中，共有71个1p35-36基因差异表达，提供了候选神经母细胞瘤抑制基因的优先列表。综上所述，这些数据与以下假设一致：神经母细胞瘤转录组是潜在肿瘤生物学的敏感标记，并且这种癌症中的染色体缺失事件可能通过mRNA剂量的改变靶向多个基因。从这些数据可以推断出神经母细胞瘤抑制基因的主要候选位置，但所涉及的转录物的潜在多样性对正在进行的基因发现策略具有重要意义。

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