Integrating data on DNA copy number with gene expression levels and drug sensitivities in the NCI-60 cell line panel

doi:10.1158/1535-7163.MCT-05-0155

比较研究

.2006年4月；5(4):853-67.

doi:10.1158/1535-7163.MCT-05-0155。

整合NCI-60细胞株中DNA拷贝数、基因表达水平和药物敏感性的数据

附属公司

PMID： 16648555
预防性维修识别码：项目经理2733874
内政部： 10.1158/1535-7163.MCT-05-0155

比较研究

整合NCI-60细胞株中DNA拷贝数、基因表达水平和药物敏感性的数据

金伯利·J·布西等。摩尔癌症治疗. 2006年4月.

.2006年4月；5(4):853-67.

doi:10.1158/1535-7163.MCT-05-0155。

附属

¹美国国家癌症研究所分子药理学实验室，地址：美国马里兰州贝塞斯达Rockville Pike 9000号NIH 5056室37号楼，MSC 4255，邮编：20892-4255。

PMID： 16648555
预防性维修识别码：项目经理2733874
内政部： 10.1158/1535-7163.MCT-05-0155

摘要

染色体重排是癌症的一个标志，对致癌和肿瘤表型有着深远的影响。我们使用60个人类癌症细胞系（NCI-60）作为模型系统，以确定DNA拷贝数、mRNA表达水平和药物敏感性之间的关系。对于64个癌症相关基因中的每一个，我们计算了所有4096个可能的皮尔逊相关系数，这些系数与DNA拷贝数（使用细菌人工染色体微阵列通过比较基因组杂交评估）和mRNA表达水平（使用cDNA和Affymetrix寡核苷酸微阵列确定）有关。该分析确定了ERBB2过表达与3p拷贝数的相关性，这一发现得到了来自人类肿瘤和ERBB2诱导的致癌小鼠模型的数据的支持。当我们检查细菌人工染色体微阵列上所有353个独特位点的DNA拷贝数与118种已知作用机制药物的药物敏感性之间的相关性时，我们发现显著的负相关（-0.983；95%自举置信区间，-0.999至-0.899）酶药物L-天冬酰胺酶的活性与卵巢癌细胞中天冬酰胺合成酶附近基因的DNA拷贝数之间的关系。先前对药物敏感性和mRNA表达的分析表明，NCI-60中天冬酰胺合成酶mRNA水平与L-天冬酰胺酶敏感性呈负相关。DNA和mRNA水平的药物基因组研究结果的一致性强烈建议进一步研究L-天冬酰胺酶，以可能治疗临床卵巢癌的低合成酶亚群。这里展示的DNA拷贝数数据库将使其他研究人员能够在自己的研究重点领域探索DNA转录-药物关系。

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数字

图1
基因组图像图显示了NCI-60细胞系中DNA拷贝数与基因表达水平的皮尔逊相关性。基因按染色体顺序列在轴上（对应于表1中的顺序）。A类，DNA拷贝数与使用cDNA阵列测量的表达水平的相关性。B类，DNA拷贝数与使用Affymetrix寡核苷酸阵列测量的表达水平的相关性。C类DNA拷贝数与自身的相关性。红色和蓝色分别表示高相关性和低相关性。右上，染色体数从1到*X（X）*.

图2
聚类图像图显示了NCI-60细胞系中DNA拷贝数与药物敏感性之间的Pearson相关性。A类，显示353个基因与−log（GI₅₀)118种“作用机制”药物。ABCB1（MDR1）的DNA拷贝数与P-糖蛋白底物的负相关以黄色突出，在B类。红色和蓝色分别表示高相关性和低相关性。可在补充图S3和S4中查看带标签的两个轴的簇树（可在http://mct.aacrjournals.org).

图3
的关系_L（左）-天冬酰胺酶对天冬酰胺合成酶的活性(*ASNS公司*)NCI-60细胞系中的表达水平和DNA拷贝数。A类,_L（左）-天冬酰胺酶活性[来自谢尔夫等人（12）的数据]与天冬酰胺合成酶表达水平。这些数据产生了一个假设，即卵巢癌的一个子集可能对_L（左）-天冬酰胺酶。B类,_L（左）-7号染色体上靠近天冬酰胺合成酶的克隆（MET）的天冬酰胺酶活性与DNA拷贝数。蓝色、粉红色和灰色数据点分别来自白血病、卵巢和其他癌症细胞类型。蓝色和粉色线表示线性最小二乘拟合。结果中给出了相关系数估计值的CI。

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