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.2007年1月;8(1):118-27.
doi:10.1093/biostatistics/kxj037。 Epub 2006年4月21日。

使用经验贝叶斯方法调整微阵列表达数据中的批处理效应

附属公司

使用经验贝叶斯方法调整微阵列表达数据中的批处理效应

W埃文·约翰逊等。 生物统计学. 2007年1月.

摘要

非生物实验变异或“批处理效应”通常在多批微阵列实验中观察到,这通常使合并这些批数据的任务变得困难。结合微阵列数据集的能力有利于研究人员提高统计能力,从逻辑考虑限制样本大小的研究或需要阵列顺序杂交的研究中检测生物现象。通常,不调整批处理效果就组合数据集是不合适的。有人提出了从数据中过滤批量效应的方法,但这些方法通常很复杂,需要大批量(>25)才能实现。由于大多数微阵列研究是使用更小的样本量进行的,现有的方法是不够的。我们提出了参数和非参数经验贝叶斯框架,用于调整批量效应数据,该框架对小样本中的离群值具有鲁棒性,并且与现有的大样本方法相比具有可比性。我们使用两个示例数据集来说明我们的方法,并表明我们的方法是合理的,易于应用,并且在实践中有用。我们方法的软件可从以下网站免费获得:http://biosun1.harvard.edu/comlab/batch/。

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