Unbiased location analysis of E2F1-binding sites suggests a widespread role for E2F1 in the human genome

doi:10.1101/gr.4887606

比较研究

.2006年5月；16(5):595-605.

doi:10.1101/gr.4887606。 Epub 2006年4月10日。

E2F1结合位点的无偏定位分析表明E2F1在人类基因组中的广泛作用

马克·比达¹, 徐晓琴, 迈克尔A歌手, 罗兰德·格林, 佩吉·法恩哈姆

附属公司

PMID： 16606705
预防性维修识别码：项目经理1457046
内政部： 10.1101/4887606克

比较研究

E2F1结合位点的无偏定位分析表明E2F1在人类基因组中的广泛作用

马克·比达等。基因组研究. 2006年5月.

.2006年5月；16(5):595-605.

doi:10.1101/gr.4887606。 Epub 2006年4月10日。

作者

马克·比达¹, 徐晓琴, 迈克尔A歌手, 罗兰德·格林, 佩吉·法恩哈姆

附属

¹美国加利福尼亚州戴维斯加利福尼亚大学药理学和基因组中心系，邮编：95616。

PMID： 16606705
预防性维修识别码：下午1457046
内政部： 10.1101/4887606克

摘要

转录因子E2F家族调节基本的细胞过程。在这里，我们采用一种无偏见的方法，通过使用高密度寡核苷酸拼接阵列检查E2F1结合位点的定位来确定E2F1靶基因。首先，我们开发了一种基于统计的方法，用于分析从代表30 Mb人类基因组的阵列中获得的ChIP-ChIP数据。使用这种方法，我们确定了E2F1、MYC和RNA聚合酶II（POLR2A）结合的区域。我们发现这三个因子都有大量的结合位点；推测HeLa细胞中可能存在大约20000-30000个E2F1和MYC结合位点以及大约12000-17000个活性启动子。与我们对MYC的结果相反，我们发现大多数E2F1结合位点（>80%）位于核心启动子中，50%的位点重叠转录起始点。只有一小部分E2F1位点具有典型结合基序。令人惊讶的是，我们发现30-Mb区域约30%的基因在核心启动子中具有E2F1结合位点，而E2F1的结合位点接近POLR2A结合位点的83%。为了确定这些结果是否代表整个人类基因组，我们对大约24000个启动子进行了ChIP-ChIP分析，并确认超过20%的启动子与E2F1结合。我们的结果表明，E2F1通过一种不同于已知共识位点识别的方法被招募到启动子中，并指向了对E2F1作为一种有助于调节大部分人类基因的因子的新理解。

PubMed免责声明

数字

**图1。**
确认ChIP和扩增物。针对MCM4启动子和21号染色体某一区域的特异引物分别用作阳性和阴性对照，用于分析(A类)ChIP或(B类)用E2F1抗体或非特异性兔IgG免疫沉淀的扩增子样品。

**图2。**
对单个数组跟踪进行峰值调用。显示了部分ENr232的杂交数据。以上轨迹中，显示了四种不同水平的峰值呼叫严格性（L1–L4；有关水平的解释，请参见结果）。当紧度降低到L4时，会出现更多的峰值。

**图3。**
组合数组数据集。(A类)“组合优先”方法的示意图。(B类)“峰值优先”方法的示意图。(C类)来自三个独立阵列的ENr223在同一区域上的峰值调用和组合示例（每个阵列在L1处）。最大钢筋高度（对数₂)“阵列A”为5.44；2.10表示“阵列B”；“阵列C”为4.18。最终导出的峰值由顶部线路从chr6:74156406延伸至74157748。所有三个阵列都对峰值集有显著贡献；对于205个L1峰的总集合，在所有三个阵列中都发现了100个。(D类)HeLa E2F1数据的峰值优先法和组合优先法结合位点预测（L1）的比较。请注意，“峰值优先”预测较少，几乎所有的“峰优先”预测（96%）都在“组合优先”集合中。有关更多说明，请参见结果和补充方法。

**图4。**
大多数E2F1结合位点都存在于HeLa和MCF7细胞中。(A类)原始阵列数据（所示每种细胞类型一个阵列）和HeLa和MCF7细胞中ENr324（chrX）预测的E2F1结合位点（L1）。预测位点（以HeLa TFBS和MCF7 TFBS表示）是使用我们的标准分析方法对每个细胞类型的三个阵列进行分析的结果（见结果）。(B类)饼图显示75%的MCF7站点与HeLa站点重叠。（TFBS）转录因子结合位点。

**图5。**
E2F1招募的推测模型。(A类)经典E2F1站点。在一个子集位点（主要与细胞周期和DNA修复基因相关），E2F1通过直接与共识位点结合并帮助招募转录机制，在控制转录输出方面发挥着重要作用。(B类)合作E2F1站点。在这些位点上，E2F1与其他DNA结合因子协同结合到与E2F共有基序相似的位点。(C类)倒置E2F1的招募。这里，E2F1不直接结合DNA，但可能通过反式激活域与一般转录因子（如TBP或TFIIH）的相互作用被招募到启动子中，以在启动前复合物形成后发挥作用。有关说明，请参见讨论。

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