跳到主页内容
美国国旗

美国政府的官方网站

Dot政府

gov意味着它是官方的。
联邦政府网站通常以.gov或.mil结尾。之前分享敏感信息,确保你在联邦政府政府网站。

Https系统

该站点是安全的。
这个https(https)://确保您连接到官方网站,并且您提供的任何信息都是加密的并安全传输。

访问密钥 NCBI主页 MyNCBI主页 主要内容 主导航
.2006年5月15日;22(10):1211-6.
doi:10.1093/bioinformatics/btl067。 Epub 2006年2月24日。

选择性剪接和转录起始的自动分类以及分类模式可视化数据库的构建

附属公司

选择性剪接和转录起始的自动分类以及分类模式可视化数据库的构建

长崎秀树等。 生物信息学. .

摘要

动机:选择性剪接和转录起始(ASTI)的大规模检测和分类是深入研究这些现象的功能含义和机制的第一步。

结果:我们开发了一种算法,通过将基因组DNA序列和cDNA序列之间的比对集合转换为二进制描述,将ASTI的所有观察单元分类为一组可扩展的不同类型(例如盒式)。这个描述系统不仅可以对典型模式进行唯一且紧凑的编码,还可以对通常被分配给“其他”的任何罕见模式进行编码当该系统应用于全基因组检测人类和其他五种真核生物的ASTI单位时,发现了150多种不同的ASDI类型。

可利用性:该系统检测到的数据可通过ASTRA获得(http://alterna.cbrc.jp/)这是一个配备了基于Java的浏览器的数据库,可以根据需要交互式地重新组织显示的拼接模式的顺序。

PubMed免责声明

类似文章

引用人

  • 使用PacBio Iso-Seq和基于纳米孔的直接RNA序列分析植物中的转录组和表转录组。
    Zhao L、Zhang H、Kohnen MV、Prasad KVSK、Gu L、Reddy ASN。 Zhao L等。 前发电机。2019年3月21日;10:253. doi:10.3389/fgene.2019.00253。2019年eCollection。 前发电机。2019 PMID:30949200 免费PMC文章。 审查。
  • 植物中选择性前mRNA剪接的光调控。
    张华,林C,顾磊。 张华等。 光化学-光生物。2017年1月;93(1):159-165. doi:10.1111/php.12680。Epub 2017年1月18日。 光化学-光生物。2017 PMID:27925216 免费PMC文章。 审查。
  • 长非编码RNA CCAT2对肿瘤代谢的等位基因特异性重编程。
    Redis RS、Vela LE、Lu W、Ferreira de Oliveira J、Ivan C、Rodriguez-Aguayo C、Adamoski D、Pasculli B、Taguchi A、Chen Y、Fernandez AF、Valledor L、Van Roosbrock K、Chang S、Shah M、Kinnebrew G、Han L、Atlasi Y、Cheung LH、Huang GY、Monroig P、Ramirez MS、Catela Ivkovic T、Van L、Ling H、GafáR、Kapitanovic S、Lanza G、Bankson JA、Hung P、Lai SY、,Bast RC、Rosenblum MG、Radovich M、Ivan M、Bartholomeusz G、Liang H、Fraga MF、Widger WR、Hanash S、Berindan-Neagoe I、Lopez-Berestein G、Ambrosio ALB、Gomes Dias SM、Calin GA。 Redis RS等人。 分子细胞。2016年2月18日;61(4):520-534. doi:10.1016/j.molcel.2016.01.015。Epub 2016年2月4日。 分子细胞。2016 PMID:26853146 免费PMC文章。
  • 通过局部剪接变异的透镜对转录组复杂性和调控的新观点。
    Vaquero-Garcia J、Barrera A、Gazzara MR、González-Valinas J、Lahens NF、Hogenesch JB、Lynch KW、Barash Y。 Vaquero-Garcia J等人。 埃利夫。2016年2月1日;5:e11752。doi:10.7554/eLife.11752。 埃利夫。2016 PMID:26829591 免费PMC文章。
  • 综述:基因的选择性剪接(AS)作为产生蛋白质复杂性的方法。
    Roy B,Haupt LM,Griffiths LR。 罗伊B等人。 当前基因组学。2013年5月;14(3):182-94. doi:10.2174/1389202911314030004。 当前基因组学。2013 PMID:24179441 免费PMC文章。

出版物类型

LinkOut-更多资源