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.2006年5月1日；22(9):1036-46.
doi:10.1093/bioinformatics/btl048。 Epub 2006年2月24日。

UCSC已知基因

范旭 1, W詹姆斯·肯特, 希拉姆·克劳森, 罗伯特·库恩, 马克·迪坎, 大卫·豪斯勒
附属公司

UCSC已知基因

范旭等。 生物信息学. .

摘要

加州大学圣克鲁斯分校（UCSC）已知基因数据集是根据Swiss-Prot/TrEMBL（UniProt）的蛋白质数据和Genbank的相关mRNA数据，通过全自动过程构建的。描述了该过程的详细步骤。构建了从该数据集到其他基因组和蛋白质组数据的广泛交叉引用。对于每个已知基因，提供了一个包含有关该基因的丰富信息的详细页面，以及到其他相关基因组、蛋白质组和通路数据的广泛链接。截至2005年7月，UCSC已知基因可用于人类、小鼠和大鼠基因组。已知基因是支持几个关键程序的基础：UCSC网站上提供的基因组浏览器、蛋白质组浏览器、基因分类器和表格浏览器。所有相关的数据文件和程序源代码也可用。可以在以下位置访问它们http://genome.ucsc.edu。分析了UCSC已知基因、RefSeq、集合基因、H-Invitational和CCDS的基因组覆盖率。尽管UCSC已知基因在人类和小鼠的主要基因集中提供了最高的基因组和CDS覆盖率，但更详细的分析表明，所有这些基因都可以进一步改进。

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