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.2006年3月7日;16(5):460-71.
doi:10.1016/j.cub.2006.01.050。 Epub 2006年2月2日。

秀丽线虫保守microRNA靶点的全基因组图谱

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秀丽线虫保守microRNA靶点的全基因组图谱

萨比·拉尔等。 当前生物. .
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摘要

背景:后生动物miRNAs通过结合同源mRNAs的3'UTR来调节蛋白编码基因。确定115个已知秀丽线虫miRNAs的靶点对于了解其功能至关重要。

结果:通过使用新版本的PicTar和三种线虫的序列比对,我们预测miRNAs通过保守的相互作用调节至少10%的秀丽线虫基因。我们开发了一种新的实验管道,通过一个适于高通量克隆的内源性报告表达系统来检测3’UTR介导的转录后基因调控,并利用研究最深入的miRNAs之一let-7证明了该系统的实用性。我们的表达分析揭示了几个新的潜在let-7靶点,并表明在头部肌肉和神经元中存在一种新的let-7活性。为了探索miRNA功能的全基因组趋势,我们分析了预测目标基因的功能类别,发现三分之一的秀丽线虫miRNAs目标基因集丰富了特定的功能注释。我们还将miRNA靶点预测与秀丽线虫的其他功能基因组数据相结合。

结论:至少10%的秀丽线虫基因被预测为miRNA靶点,许多线虫miRNA似乎通过靶向功能相关基因来调节生物过程。我们还开发并成功利用了一个体内系统来测试可能内源性表达域中的miRNA靶预测。数千种针对线虫、人类和苍蝇的全基因组miRNA靶点预测可从PicTar网站上获得,并链接到一个可访问的图形网络浏览工具,允许在各种功能基因组数据资源的背景下探索miRNA靶点预测。

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