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.2005年10月12日6时247分。
doi:10.1186/1471-2105-6-247。

Phydbac“基因功能预测器”：基于基因组上下文分析的基因注释工具

弗朗索瓦·埃诺 1, 卡斯滕·苏赫（Karsten Suhre）, Jean-Michel Claverie公司
附属公司

Phydbac“基因功能预测器”：基于基因组上下文分析的基因注释工具

弗朗索瓦·埃诺等人。 BMC生物信息学. .

摘要

背景：大量完全测序的基因组使得基因组上下文分析能够预测原核蛋白之间可靠的功能关联。主要的方法依赖于这样一个事实，即编码物理上相互作用的伴侣或共享代谢途径成员的基因往往与基因组接近，以相关的方式进化，并在另一生物体中融合为单个序列。

结果：与网络服务器Phydbac相连的新“基因功能预测器”提出了从这些方法的组合中获得的大肠杆菌K-12蛋白之间的假定关联。我们表明，通过该工具建立的关联比在其他已建立的数据库中发现的关联更准确。基于相关蛋白的预先存在的功能注释，对GO类别的预测分配也可用。这个新数据库目前拥有9379个成对链接，预期成功率至少为80%，从这些链接导出的6466个GO术语的功能预测具有高于70%的准确度。

结论：“基因功能预测器”是一个自动工具，旨在通过提供基因组背景特征之外的假设功能预测来帮助生物学家。“基因功能预测器”可在http://www.igs.cnrs-mrs.fr/phydbac/indexPS.html。

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数字

图1
图1
“基因功能预测”中使用的方法描述.目标生物体的蛋白质编码基因大肠杆菌与150个基因组的ORF进行比较。（A） P分数适用于大肠杆菌蛋白质系统发育图谱可以识别以类似方式进化的蛋白质对。例如，基因A和E存在于基因组1、2和150中，而在基因组3中不存在。（B） C评分与至少一个基因组中邻近的基因对有关。该分数是根据基因间距离计算得出的大肠杆菌所有其他基因组中的基因及其各自的同源物。基因B和F（分别为红色和绿色）在基因组1中仅相隔30 bp，在基因组3中相隔5 bp，因此这两个基因之间的C分为0.8。（C） 为检测到的每个域融合计算F分数。在该示例中大肠杆菌基因C和D融合在基因组3的一个基因中。（D） 显著的P、C和F得分合并为综合得分。（E） 功能预测是根据相关合作伙伴的注释进行的。
图2
图2
的配置文件大肠杆菌phoR蛋白及其在不同生物体中的最佳同源物。phoR的一致性曲线（CPP）源自文本中描述的这些曲线。
图3
图3
不同方法的累积精度累积准确度是指通过一种方法关联且处于同一COG类别中的基因对的分数。不同的曲线代表了基于共识曲线的P得分、基于简单曲线的P旧、同位化C得分、检测融合事件的F得分和综合得分S的最佳关联之间的准确性。
图4
图4
数据库比较比较Phydbac给出的结果和基于非同源方法的三个现有数据库中的结果。
图5
图5
«基因功能预测器»的典型输出.预测大肠杆菌基因yjgI。显示了重要的预测GO项以及这些预测的关联。
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    Gonçalves MFM、Nunes RB、Tilleman L、Van de Peer Y、Deforce D、Van Nieuwerburgh F、Esteves AC、alves A。 Gonçalves MFM等人。 国际分子科学杂志。2019年12月3日；20(23):6083. doi:10.3390/ijms20236083。 国际分子科学杂志。2019 PMID：31816814 免费PMC文章。
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    1. Altschul SF、Madden TL、Schaffer AA、Zhang J、ZhangZ、Miller W、Lipman DJ。Gapped BLAST和PSI-BLAST：新一代蛋白质数据库搜索程序。核酸研究1997；25:3389–402. doi:10.1093/nar/25.17.3389。-内政部-项目管理咨询公司-公共医学
    1. 贝特曼A、伯尼E、塞鲁蒂L、杜宾R、埃特维勒L、埃迪SR、格里菲斯-琼斯S、豪-吉隆坡、马歇尔M、桑纳默EL。Pfam蛋白质家族数据库。核酸研究2002；30:276–280. doi:10.1093/nar/30.1.276。-内政部-项目管理咨询公司-公共医学
    1. Roberts RJ。识别蛋白质功能——呼吁社区行动。《公共科学图书馆·生物》。2004;3:E42。doi:10.1371/journal.pbio.0020042。-内政部-项目管理咨询公司-公共医学
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