Gene set enrichment analysis: a knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles

doi:10.1073/pnas.0506580102

.2005年10月25日；102(43):15545-50.

doi:10.1073/pnas.0506580102。 Epub 2005年9月30日。

基因集富集分析：基于知识的全基因组表达谱解释方法

Aravind Subramanian语¹, 巴勃罗·塔马约, Vamsi K Mootha公司, 萨扬·穆克吉, 本杰明·L·埃伯特, 迈克尔·A·吉列, 阿曼达·波洛维奇, 斯科特·波梅罗伊, 托德·戈卢布, 埃里克·S·兰德, 吉尔·P·梅西洛夫

附属公司

PMID： 16199517
预防性维修识别码：项目经理1239896
内政部： 10.1073/pnas.0506580102

基因集富集分析：基于知识的全基因组表达谱解释方法

Aravind Subramanian语等。美国国家科学院程序. 2005.

.2005年10月25日；102(43):15545-50.

doi:10.1073/pnas.0506580102。 Epub 2005年9月30日。

作者

阿拉文德·苏布拉马尼安¹, 巴勃罗·塔马约, Vamsi K Mootha公司, 萨扬·穆克吉, 本杰明·L·埃伯特, 迈克尔·A·吉列, 阿曼达·保罗维奇, 斯科特·波梅罗伊, 托德·戈卢布, 埃里克·S·兰德, 吉尔·P·梅西洛夫

附属

¹马萨诸塞州理工学院和哈佛大学博德学院，地址：320 Charles Street，Cambridge，MA 02141，USA。

PMID： 16199517
预防性维修识别码：项目经理1239896
内政部： 10.1073/pnas.0506580102

摘要

尽管全基因组RNA表达分析已成为生物医学研究中的常规工具，但从这些信息中提取生物学见解仍然是一项重大挑战。在这里，我们描述了一种强大的分析方法，称为基因集富集分析（GSEA），用于解释基因表达数据。该方法通过关注基因集（即共享共同生物功能、染色体位置或调控的基因组）而发挥其威力。我们展示了GSEA如何对包括白血病和肺癌在内的几个癌症相关数据集进行深入研究。值得注意的是，单基因分析发现两项关于肺癌患者生存率的独立研究之间几乎没有相似之处，GSEA揭示了许多共同的生物途径。GSEA方法体现在一个免费的软件包中，以及一个包含1325个生物定义基因集的初始数据库。

PubMed免责声明

数字

**图1。**
GSEA概述说明了该方法。(A类)根据与表型的相关性、相应的热图和“基因标签”排序的表达数据集，即一组基因的位置*S公司*在排序列表中。(B类)的运行总和图*S公司*在数据集中，包括最大浓缩分数的位置(锿)和前沿子集。

**图2。**
原始（4）强化得分行为。C2功能集合中的三个基因集在男性/女性淋巴母细胞系示例中的基因列表中的分布按其与性别的相关性排序：S1，一组X染色体失活基因；S2，描述维生素c导入神经元的途径；S3，与T辅助细胞表达的趋化因子受体有关。图中显示了三个基因集的累加和图：S1在女性中显著富集，如预期，S2随机分布，得分很低，S3未富集在列表顶部，但非随机，因此得分很高。箭头显示最大浓缩分数的位置以及相关性（信噪比）过零的点。表1比较了标称*P（P）*S1、S2和S3的值。新方法降低了S3等集合的重要性。

**图3。**
p53研究的前沿重叠。此图显示了*ras（拉斯维加斯）*,*神经生长因子*，以及*胰岛素样生长因子1*与P53相关的基因集^–由深蓝色表示的前沿子集聚集。一个常见的基因亚群，明显呈暗垂直条纹，由MAP2K1、PIK3CA、ELK1和RAF1组成，代表MAPK途径的一个亚组。

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中的注释

应用先验建立的基因集发现微阵列数据中生物学上重要的差异表达。
图片A，Febbo PG。图A等。美国国家科学院院刊2005年10月25日；102(43):15278-9. doi:10.1073/pnas.0507477102。Epub 2005年10月17日。美国国家科学院院刊，2005年。 PMID：16230612 免费PMC文章。没有可用的摘要。

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1. Schena，M.、Shalon，D.、Davis，R.W.和Brown，P.O.（1995）《科学》270、467–470。-公共医学
1. Lockhart，D.J.、Dong，H.、Byrne，M.C.、Follettie，M.T.、Gallo，M.V.、Chee，M.S.、Mittmann，M.、Wang，C.、Kobayashi，M.和Horton，H.等人（1996）《国家生物技术》。14, 1675–1680.-公共医学
1. Fortunel，N.O.，Otu，H.H.，Ng，H.H，Chen，J.，Mu，X.，Chevassut，T.，Li，X.Joseph，M.，Bailey，C.，Hatzfeld，J.A.等人（2003）《科学》302，393，作者回复393。-公共医学
1. Mootha，V.K.，Lindgren，C.M.，Eriksson，K.F.，Subramanian，A.，Sihag，S.，Lehar，J.，Puigserver，P.，Carlsson，E.，Ridderstrale，M.，Laurila，E.等人（2003）《自然遗传学》。34, 267–273.-公共医学
1. Patti，M.E.、Butte，A.J.、Crunkhorn，S.、Cusi，K.、Berria，R.、Kashyap，S.，Miyazaki，Y.、Kohane，I.、Costello，M.、Saccone，R等（2003）Proc。国家。阿卡德。科学。美国1008466–8471。-项目管理咨询公司-公共医学

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[1] Schena，M.、Shalon，D.、Davis，R.W.和Brown，P.O.（1995）《科学》270、467–470。-公共医学

[2] Schena，M.、Shalon，D.、Davis，R.W.和Brown，P.O.（1995）《科学》270、467–470。-公共医学

[3] Lockhart，D.J.、Dong，H.、Byrne，M.C.、Follettie，M.T.、Gallo，M.V.、Chee，M.S.、Mittmann，M.、Wang，C.、Kobayashi，M.和Horton，H.等人（1996）《国家生物技术》。14, 1675–1680.-公共医学

[4] Lockhart，D.J.、Dong，H.、Byrne，M.C.、Follettie，M.T.、Gallo，M.V.、Chee，M.S.、Mittmann，M.、Wang，C.、Kobayashi，M.和Horton，H.等人（1996）《国家生物技术》。14, 1675–1680.-公共医学

[5] Fortunel，N.O.，Otu，H.H.，Ng，H.H，Chen，J.，Mu，X.，Chevassut，T.，Li，X.Joseph，M.，Bailey，C.，Hatzfeld，J.A.等人（2003）《科学》302，393，作者回复393。-公共医学

[6] Fortunel，N.O.，Otu，H.H.，Ng，H.H，Chen，J.，Mu，X.，Chevassut，T.，Li，X.Joseph，M.，Bailey，C.，Hatzfeld，J.A.等人（2003）《科学》302，393，作者回复393。-公共医学

[7] Mootha，V.K.，Lindgren，C.M.，Eriksson，K.F.，Subramanian，A.，Sihag，S.，Lehar，J.，Puigserver，P.，Carlsson，E.，Ridderstrale，M.，Laurila，E.等人（2003）《自然遗传学》。34, 267–273.-公共医学

[8] Mootha，V.K.，Lindgren，C.M.，Eriksson，K.F.，Subramanian，A.，Sihag，S.，Lehar，J.，Puigserver，P.，Carlsson，E.，Ridderstrale，M.，Laurila，E.等人（2003）《自然遗传学》。34, 267–273.-公共医学

[9] Patti，M.E.、Butte，A.J.、Crunkhorn，S.、Cusi，K.、Berria，R.、Kashyap，S.，Miyazaki，Y.、Kohane，I.、Costello，M.、Saccone，R等（2003）Proc。国家。阿卡德。科学。美国1008466–8471。-项目管理咨询公司-公共医学

[10] Patti，M.E.、Butte，A.J.、Crunkhorn，S.、Cusi，K.、Berria，R.、Kashyap，S.，Miyazaki，Y.、Kohane，I.、Costello，M.、Saccone，R等（2003）Proc。国家。阿卡德。科学。美国1008466–8471。-项目管理咨询公司-公共医学

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