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.2005年10月1日;21(19):3797-800.
doi:10.1093/bioinformatics/bti607。 Epub 2005年8月2日。

用于HIV-1和其他微生物序列分析的自动基因分型系统

附属公司

用于分析HIV-1和其他微生物序列的自动基因分型系统

图利奥·德·奥利维拉等。 生物信息学. .

摘要

动机:HIV-1的基因分析不仅对疫苗开发很重要,而且对指导治疗策略、跟踪新病毒变体的出现以及确保诊断分析的现代化和充分优化也很重要。然而,大多数基因分型方法都是费力和复杂的,并且需要使用多种软件应用程序。在这里,我们描述了一种自动化基因分型系统的开发,该系统可以很容易地应用于HIV-1和其他快速进化的病毒病原体。

结果:使用Java编程和PERL脚本开发的新REGA亚型工具将系统发育分析与引导扫描方法相结合,用于HIV-1全长和亚基因组片段的遗传亚型划分。当用于调查使用手动系统发育方法分析的先前发布的参考数据集的亚型时,自动化方法正确识别了97.5-100%的非重组和循环重组HIV-1,包括从Los Alamos数据库下载的108个全长、108个gag和221个env序列。

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