Processing methods for differential analysis of LC/MS profile data

doi:10.1186/1471-2105-6-179

.2005年7月18:6:179。

doi:10.1186/1471-2105-6-179。

LC/MS剖面数据差分分析的处理方法

Mikko Katajamaa先生¹, 马特杰·奥雷西克

附属公司

PMID： 16026613
预防性维修识别码：项目经理1187873
内政部： 10.1186/1471-2105-6-179

LC/MS剖面数据差分分析的处理方法

Mikko Katajamaa先生等。 BMC生物信息学. 2005.

.2005年7月18:6:179。

doi:10.1186/1471-2105-6-179。

作者

Mikko Katajamaa先生¹, 马特杰·奥雷西克

附属

¹图尔库生物技术中心，Tykistökatu 6，FIN-20521，Turku，Finland。mikko.katajamaa@btk.fi

PMID： 16026613
预防性维修识别码：项目经理1187873
内政部： 10.1186/1471-2105-6-179

摘要

背景：液相色谱-质谱联用（LC/MS）已广泛应用于蛋白质组学和代谢组学研究。在此背景下，该技术越来越多地用于差异分析，即在多个样品中广泛筛选生物分子成分，以阐明观察到的表型并发现生物标记。该领域的主要挑战之一仍然是开发更好的LC/MS数据处理解决方案。

结果：我们提供了一个软件包MZmine，可以对代谢组学数据进行差异LC/MS分析。该软件是一个工具箱，包含微分分析之前所有数据处理阶段的方法：光谱滤波、峰值检测、校准和归一化。具体来说，我们开发并实现了一种新的递归峰值搜索算法和二次峰值选取方法，以改进已对齐的结果，以及一种使用多个内部标准的规范化工具。可视化工具允许跨多个样本比较查看数据。峰值列表可以导出到其他数据分析程序中。工具箱已经被广泛应用。我们在长春花细胞培养物代谢谱的一个例子中证明了它的实用性。

结论：该软件根据GNU通用公共许可证免费提供，可从项目网页上获得，网址为：http://mzmine.sourceforge.net/。

PubMed免责声明

数字

图1
*MZmine公司*图形用户界面：（A）导入的原始数据文件列表。（B）所选文件的总离子色谱图（TIC）。（C）同一文件的选定保留时间的质谱。（D）同一文件的峰值列表，列出m/z值、保留时间和强度。（E）同一文件的2d映射，保留时间在x轴上，m/z在y轴上。（F）放大不同文件的光谱。（G）列出的所有文件的峰值对齐矩阵。（H）可用的对齐结果，例如不同的标准化。GUI中显示的光谱来自使用Quattro Micro（Waters，Inc.）三重四极杆质谱仪对小鼠白色脂肪组织进行的脂质体分析。

图2
两种可用的峰值拾取方法使用的两步峰值拾取过程：（A）此图放大到光谱的一小部分。在第一步中，仅在每个光谱中检测到一维光谱峰。光谱上的绿点表示检测到的光谱峰的位置。（B）这个图是原始数据二维视图的一个小片段的放大图。黑线表示连接连续光谱峰所产生的二维峰。峰值高度被计算为这些数据点中的最高强度，而峰值面积对应于强度之和。

图3
（A）两个代表性样品的总离子色谱图*长春花*细胞培养。（B）对数比图视图，比较来自*长春花*（10次诱导，10次对照）。

图4
数据分析*长春花*代谢物谱数据，使用2175个检测到的峰值作为变量。（A）主成分分析显示了诱导菌株与对照菌株之间的差异。随后的因子分析表明，诱导组的聚集主要是由于塔伯松碱和阿扎马林。（B）内标物（Vincamine）、Ajmalicine和Tabersonine在诱导组和对照组之间的强度分布比较。

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