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.2005年8月;23(8):995-1001.
doi:10.1038/nbt1118。 Epub 2005年7月17日。

利用人工神经网络设计全基因组siRNA文库

附属公司

利用人工神经网络设计全基因组siRNA文库

迪特尔·休斯等。 Nat生物技术. 2005年8月.

中的勘误表

  • 国家生物技术。2005年10月;23(10):1315
  • 国家生物技术。2006年8月;24(8):1033

摘要

迄今为止进行的最大的基因敲除实验使用了每个基因的多个短干扰/短发夹(si/sh)RNA。为了克服设计全基因组siRNA库的负担,我们使用斯图加特神经网络模拟器对2182个随机选择的靶向34种mRNA的siRNA数据集进行算法训练,这些siRNA通过高通量荧光报告基因系统进行检测。该算法(BIOPREDsi)可靠地预测了独立测试集(皮尔逊系数r=0.66)中249个siRNA的活性,以及在mRNA和蛋白质水平上靶向内源性基因的siRNA。基于互补21-核苷酸(nt)引导序列训练的神经网络优于基于19-nt序列训练的网络。BIOPREDsi用于设计全基因组siRNA集合,每个基因有两个有效的siRNA。当收集50000个siRNAs用于识别与细胞缺氧反应有关的基因时,两个最有力的打击是关键的缺氧转录因子HIF1A和ARNT。

PubMed免责声明

中的注释

  • 发现细菌的DNA调节元件。
    保加利亚。 保加利亚。 国家生物技术。2005年8月;23(8):942-4. doi:10.1038/nbt0805-942。 国家生物技术。2005 PMID:16082362 免费PMC文章。 没有可用的摘要。
  • siRNA变得智能化。
    宫城县M,Taira K。 宫城县M等人。 国家生物技术。2005年8月;23(8):946-7. doi:10.1038/nbt0805-946。 国家生物技术。2005 PMID:16082364 没有可用的摘要。

类似文章

  • siRNA变得智能化。
    宫城县M,Taira K。 宫城县M等人。 国家生物技术。2005年8月;23(8):946-7. doi:10.1038/nbt0805-946。 国家生物技术。2005 PMID:16082364 没有可用的摘要。
  • 具有热力学和组成特征的计算模型改进了siRNA的设计。
    Shablina SA、Spiridonov AN、Ogurtsov AY。 Shabalina SA等人。 BMC生物信息学。2006年2月12日;7:65. doi:10.1186/1471-2105-7-65。 BMC生物信息学。2006 PMID:16472402 免费PMC文章。
  • 使用人工神经网络模型预测siRNA敲除效率。
    Ge G、Wong GW、Luo B。 Ge G等人。 生物化学与生物物理研究委员会。2005年10月21日;336(2):723-8. doi:10.1016/j.bbrc.2005.08.147。 生物化学与生物物理研究委员会。2005 PMID:16153609
  • 在活性siRNA的电子选择中。
    帕特泽尔五世。 帕特泽尔五世。 今日毒品发现。2007年2月;12(3-4):139-48. doi:10.1016/j.drudis.2006.11.015。Epub 2006年12月13日。 今日毒品发现。2007 PMID:17275734 审查。
  • siRNAs和shRNAs的设计和验证。
    Tilesi F、Fradiani P、Socci V、Willems D、Ascenzioni F。 Tilesi F等人。 当前操作摩尔热。2009年4月;11(2):156-64. 当前操作摩尔热。2009 PMID:19330721 审查。

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