An atlas of human gene expression from massively parallel signature sequencing (MPSS)

doi:10.1101/gr.4041005

比较研究

.2005年7月；15(7):1007-14.

doi:10.1101/gr.4041005。

大规模并行签名测序（MPSS）人类基因表达图谱

C维克托·琼杰内尔¹, 毛罗·德罗伦齐, 克里斯蒂安·伊塞利, 周代兴, 克里斯蒂安·德·豪登柴尔德, 伊琳娜·赫勒布图科娃, 德米特里·库兹涅佐夫, 布莱恩·史蒂文森, 罗伯特·斯特劳斯伯格, 安德鲁·J·G·辛普森, 托马斯·瓦西塞克

附属公司

PMID： 15998913
预防性维修识别码：项目经理1172045
内政部： 10.1101/4041005级

比较研究

大规模并行签名测序（MPSS）人类基因表达图谱

C维克托·琼杰内尔等。基因组研究. 2005年7月.

.2005年7月；15(7):1007-14.

doi:10.1101/gr.4041005。

作者

附属

¹信息技术办公室、路德维希癌症研究所和瑞士生物信息学研究所，瑞士洛桑1015。维克多.Jongeneel@licr.org

PMID： 15998913
预防性维修识别码：项目经理1172045
内政部： 10.1101/gr.4041005

摘要

我们使用大规模并行签名测序（MPSS）对32个正常人体组织的转录组进行了前所未有的深度采样，从而记录了近20000个基因的高灵敏度和特异性表达模式。这些数据证实了一种广泛持有的观点，即细胞和组织类型之间的基因表达差异在很大程度上取决于来自有限数量的组织特异性基因的转录物，而不是由更杂乱表达的基因组合。已知人类基因中有一半以上的基因表达，似乎可以解释取样组织的共同需求和特定功能。基于基因表达模式的组织分类在很大程度上重现了基于解剖和生化特性的分类。MPSS实现的人类转录组的无偏采样支持了这样一种观点，即大多数人类基因即使没有功能特征，也已被映射。该数据集对于识别组织特异性基因、研究由病理条件引起的全球变化以及定义基本细胞维持所需的最小基因集是有用的。这些数据可在Web上获取，网址为http://mpss.licr.org和http://sgb.lynxgen.com。

PubMed免责声明

数字

**图1。**
转录物丰度等级在不同组织中的分布。对于每个组织n个绘制了最丰富的转录本（横坐标）。代表极端病例的五种组织的绘图被着色：胰腺、唾液腺和胃，作为具有分泌功能的高度专业化组织的示例；胎儿大脑和睾丸组织具有复杂多样的转录体。

**图2。**
基因表达的频率直方图。对于每一个基因，计算了在5 tpm或更多时表现出表达的组织。对CNS样本进行平均并作为单个组织进行计数。

**图3。**
32个组织中基因表达模式之间距离的多维分离图。表达载体之间的成对相关性值，第页，由表达式值的自然对数和距离测量值计算得出d日= (1 -第页)在R的多变量分析包中用作MDS常规的输入。CNS组织为红色。组织为（AG）肾上腺；（Bl）膀胱；骨髓；杏仁核；（CN）尾状核；小脑；胼胝体；胎脑；下丘脑；（Ta）丘脑；（他）心；（Ki）肾脏；（鲁）肺；（MG）乳腺；胰腺；（PG）垂体；（Pc）胎盘；（Pr）前列腺；（Re）视网膜；（SG）唾液腺；（SI）小肠；（SC）脊髓；脾；（St）胃；（Te）睾丸；胸腺；甲状腺；（Tr）气管；子宫；（Co）结肠；（MC）单核细胞；（PL）外周血淋巴细胞。

**图4。**
基于成对距离的组织层次聚类(d日= 1 -第页)，使用Ward统计方法。簇状组织组根据共同特性着色：（品红色）淋巴组织；（红色）造血组织；（绿色）肠道；（蓝色）中枢神经系统。

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