Detecting false expression signals in high-density oligonucleotide arrays by an in silico approach

doi:10.1016/j.ygeno.2004.11.004

.2005年3月；85(3):297-308.

doi:10.1016/j.ygeno.2004.11.004。

用计算机方法检测高密度寡核苷酸阵列中的假表达信号

张晶慧¹, 理查德·芬尼, 罗伯特·J·克利福德, 莱斯利·德尔, 肯尼思·布埃托

附属机构

附属

¹美国马里兰州贝塞斯达，MSC 8302，101室，赫尔德法院8424号，国家癌症研究所/国家卫生研究院人口遗传学实验室，邮编：20892-8302。jinghuiz@mail.nih.gov

PMID： 15718097
内政部： 2016年10月10日/j.ygeno.2004.11.004

用电子方法检测高密度寡核苷酸阵列中的假表达信号

张晶慧等。基因组学. 2005年3月.

.2005年3月；85(3):297-308.

doi:10.1016/j.ygeno.2004.11.004。

作者

张晶慧¹, 理查德·芬尼, 罗伯特·克利福德, 莱斯利·德尔, 肯尼思·布埃托

附属

¹美国马里兰州贝塞斯达，MSC 8302，101室，赫尔德法院8424号，国家癌症研究所/国家卫生研究院人口遗传学实验室，邮编：20892-8302。jinghuiz@mail.nih.gov

PMID： 15718097
内政部： 2016年10月10日/j.ygeno.2004.11.004

摘要

高密度寡核苷酸阵列已成为在基因组尺度上同时测量mRNA表达的流行方法。为了减少基因表达分析中的实验噪声并使实验变异标准化，人们致力于开发统计分析工具。然而，这些研究并没有发现或编目与特定寡核苷酸探针相关的系统问题。在这里，我们对在多个实验中产生一致但不准确信号的有问题探针进行了调查。通过评估基因、探针序列和基因组结构之间的数据完整性，我们共鉴定出20696个（10.5%）可以与多个基因交叉杂交的非特异性探针，以及18363个（9.3%）缺失Affymetrix基因芯片U95A/Av2阵列上目标转录序列的探针。U133A阵列上非特异性和错靶探针的数量分别为29405（12.1%）和19717（8.0%）。两个基因芯片实验证实了定位错误的探针性能不佳，与正常探针相比，这些探针检测当前信号的能力下降了20-30%。将从SAGE和EST数据中获得的定性表达信号与基因芯片阵列中获得的信号进行比较，结果表明，在有问题的探针中，这两个平台的一致性比在正常探针中低30%。开发了一个Web应用程序来应用我们的结果以提高表达式分析的准确性。

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