Cross-host evolution of severe acute respiratory syndrome coronavirus in palm civet and human

doi:10.1073/pnas.0409608102

.2005年2月15日；102(7):2430-5.

doi:10.1073/pnas.0409608102。 Epub 2005年2月4日。

棕榈果子狸和人类严重急性呼吸综合征冠状病毒的跨宿主进化

附属公司

PMID： 15695582
预防性维修识别码： PMC548959
内政部： 10.1073/pnas.0409608102

棕榈果子狸和人类严重急性呼吸综合征冠状病毒的跨宿主进化

怀东歌等。美国国家科学院院刊. 2005.

.2005年2月15日；102(7):2430-5.

doi:10.1073/pnas.0409608102。 Epub 2005年2月4日。

作者

附属

¹中国上海市第二医科大学附属瑞金医院医学基因组学国家重点实验室/中华医学科学院，上海市瑞金二路197号，邮编200025。

PMID： 15695582
预防性维修识别码： PMC548959
内政部： 10.1073/pnas.0409608102

摘要

中国广州市2003/2004年爆发的人和果子狸的严重急性呼吸综合征冠状病毒基因组序列几乎相同。系统发育分析表明，在这一新事件中，病毒从动物向人类独立入侵。结合所有现有数据（不包括单核苷酸），我们鉴定出202个单核苷酸变异。其中，只有17只棕榈果子狸具有多态性。在相隔1年从不同地理位置采集的果子狸中，非同义/同义核苷酸取代的比例非常高，这表明果子狸中的病毒蛋白也有快速进化的过程，很像2002-2003年初疫情中它们在人类宿主中的适应。一些关键基因的主要遗传变异，尤其是Spike基因，似乎对从动物传播到人与人传播的转变至关重要，这最终导致了2002/2003年第一次严重急性呼吸综合征的爆发。

PubMed免责声明

数字

**图1。**
2002年至2004年SARS-CoV流行的基因型聚类。用完整SNV构建的无根系统发育树以及人类患者衍生病毒（HP）的91个序列和棕榈果子狸衍生病毒（PC）的5个序列的缺失说明了这一点(A类)以及PC和HP早期个体传播谱系的一致核苷酸序列的邻接（N-J）树(B类). 在A类集群的划分和相应的命名是基于病毒的宿主和疫情的阶段（7）（表2）。单个序列之间的映射距离表示基因型差异的程度。为了突出两个相邻簇之间的差异，两组基因组序列中出现的SNVs数量[总（同义，非同义，引起剧烈氨基酸变化）]以及核苷酸差异的平均数量D类在两个样本组之间（参见*材料和方法*)显示在方框中。除了整个基因组的SNV（Total）或f1ab（尤其是在或f1a，它是Orf1ab）、S和sars3a的一部分，以与总SNV相同的方式列出。这些SNV存在于用于本分析的所有序列的至少两个独立样本中。在B类，一致的核苷酸序列来自每个PC和HP数据集。对于HP03E，根据直接流行病学联系和基因组序列高度相似性，从三个主要传播谱系中分别衍生出共识核苷酸序列，分别表示为HP03EGZ（广州）、HP03EHSZ（深圳）和HP03EZS（中山）。这六个共有核苷酸序列用于构建兆2（23），并假设Kimura双参数模型。分支长度是遗传距离的估计值。

**图2。**
每个同义站点的同义替换数量图，*Ks（千克）*，对于级联编码序列与采样日期。这个*Ks（千克）*计算和使用的样本如所述*材料和方法*取样日期以2003年1月1日之后的天数计量。斜率（β₁)线性回归模型的拟合线给出了中性率的估计，8.00×10^-6每天每个站点。

**图3。**
基于MRCA估计的棕榈果子狸（PC03和PC04）和早期人类患者（HP03E和HP04）SARS-CoV分离物的根系统发育树。所有数据都在中进行了描述*材料和方法*HP03E除外，它来自于之前的工作（7）。分支长度与时间间隔成正比。

**图4。**
大多数可变基因的系统发育(A类)，sars3a(B类)和nsp3(C)在2002–2003年疫情早期病例和2003–2004年疫情新病例的SARS-CoV样本中。2002-2003年疫情早期病例的样本是根据两个标准选择的：序列的完整性及其在每个流行病学谱系中的代表性。沿着每个分支显示的两个数字是沿着分支的每个完整基因的同义和非同义替换数的最大似然估计值(*材料和方法*). 在每棵树中，假设每个分支的dN/dS比率不同。分支长度与该分支中估计的同义和非同义替换的总数成正比。

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