Structural and functional analysis of the RNA transport element, a member of an extensive family present in the mouse genome

doi:10.1128/JVI.79.4.2356-2365.2005

.2005年2月；79(4):2356-65.

doi:10.1128/JVI.79.4.2356-2365.2005。

小鼠基因组中广泛家族成员RNA转运元件的结构和功能分析

谢尔盖·斯穆莱维奇¹, 丹尼尔·米哈洛夫斯基, 安德烈·佐洛图金, 拉尔夫·施耐德, Jenifer熊, 帕特里夏·罗斯, 乔治·帕夫拉基斯, 芭芭拉·费伯

附属公司

PMID： 15681436
预防性维修识别码： PMC546579
内政部： 10.1128/JVI.79.4.2356-2365.2005

小鼠基因组中广泛家族成员RNA转运元件的结构和功能分析

谢尔盖·斯穆列维奇等人。 J维罗尔. 2005年2月.

.2005年2月；79(4):2356-65.

doi:10.1128/JVI.79.4.2356-2365.2005。

作者

谢尔盖·斯穆列维奇¹, 丹尼尔·米夏洛夫斯基, 安德烈·佐洛图金, 拉尔夫·施耐德, Jenifer熊, 帕特里夏·罗斯, 乔治·帕夫拉基斯, 芭芭拉·费伯

附属

¹美国国家癌症研究所人类逆转录病毒病因学科，美国马里兰州21702，Frederick，Frederik。

PMID： 15681436
预防性维修识别码：第546579页
内政部： 10.1128/JVI.79.4.2356-2365.2005

摘要

我们之前鉴定了一种RNA转运元件（RTE），存在于啮齿类动物脑室内a颗粒逆转录元件的一个亚类中（F.Nappi，R.Schneider，a.Zolotukhin，S.Smulevitch，D.Michalowski，J.Bear，B.Felber和G.Pavlakis，J.Virol.75:4558-45691001），它能够取代人类免疫缺陷病毒1型中的逆转录因子调节。RTE-directed mRNA输出由一种未知的细胞因子介导，独立于CRM1核输出受体，在脊椎动物中是保守的。在这里，我们展示了这种RTE折叠成一个扩展的RNA二级结构，因此与任何已知的RTE都不相似。计算机搜索显示，存在105个相同的元素和3000多个相关元素，这些元素与RTE至少70%的序列一致，并且在所有小鼠染色体上都存在。预计这些相关元素会折叠成类似RTE的结构。序列和结构的比较表明，RTE和相关元件可分为四组。RTE的突变显示，最小元素包含四个内部干环，这对哺乳动物细胞的功能是必不可少的。相反，只有部分元素对微注射非洲爪蟾卵母细胞细胞核中的RNA转运至关重要。重要的是，能够促进RNA转运的最小RTE具有关键的结构特征，这些特征保存在所有RTE相关元素中，进一步支持了它们的功能重要性。因此，RTE功能依赖于一个复杂的二级结构，该二级结构对与细胞输出因子的相互作用很重要。

PubMed免责声明

数字

**图1。**
RTE的二级结构。（A）使用mfold程序对RTE的二级结构进行了建模，并根据实验数据进行了修改。箭头显示了酶促探测和铅离子诱导裂解诱导的特定消化部位的位置。细箭头和粗箭头分别表示强烈和非常强烈的切割。（B） 5′末端标记RTE分子的酶和化学探测。通道：C，对照（RTE RNA未经处理培养）；MB（绿豆核酸酶I），P₁、S1、T₂、和T₁，使用指示的酶进行消化；铅，铅离子诱导的裂解；LE、RNase T₁水解梯；LF，甲酰胺水解梯。所选鸟嘌呤残基和SL I至SL IV的位置显示在右边。

**图2。**
小鼠基因组中RTE相关元件家族。（A）对RTE（A组）和RTE相关B、C和D组的一致序列进行比对。226-nt RTE用于鉴定小鼠基因组中的相关元素。阴影区域表示RTE定义的回路，如图1A所示。字母k、m、r、s、w和y是退化DNA字母表。（B） RTE与每组RTE相关元素的代表成员对齐，可在GenBank登录号AL663101（B组）、AL671215（C组）和AC003061（D组）下找到。阴影区域表示RTE定义的回路，如图1A所示。（C）系统发生树和RTE结构的比较（来自图1A）以及面板B中所示RTE相关元素的预测二级结构。

**图3。**
卵母细胞RTE缺失突变体分析。（A） RTE缺失突变体的示意图。带圆圈的核苷酸表示相应RTE突变体的开始和结束。带框的核苷酸表示RTE M31中5′端缺失的开始。M15缺少SL III，如方框区域所示。（B）微注射RTE突变体的RNA输出活性*X·莱维斯*卵母细胞核。将含有所示突变RTE的放射性标记腺病毒前mRNA注入爪蟾卵母细胞核。培养3小时后，制备总（T）、细胞质（C）和核（N）组分。注入的RNA混合物还包含U1ΔSm RNA，它被输出到细胞质中（RNA输出的指示物），以及U6Δss RNA，它仍然留在细胞核中（核完整性的指示物质）。指出了前mRNA和内含子的位置。套索环中的开口三角形表示RTE的存在。

**图4。**
RTE突变体的分析堵住在人类细胞中表达。HIV-1堵住将不含插入物、RTE或所指示的RTE突变体的表达载体pNLgag转染到HeLa衍生的HLtat细胞中。两天后，收集细胞，并使用抗原捕获试验测定Gag生成水平。测定了RTE和RTE突变体缺失或存在时Gag生成量的增加。平均值n个-显示了测试RTE和突变RTE结果的折叠诱导±标准偏差。对每个含有RTE的构建物的两个独立克隆进行重复测试。

**图5：。**
SL IV回路的两种变体都是功能性的。（A） RTE和M20的卡通。突变株M20被设计成具有更大的SL IV，如B组和D组RTE相关元件中所示。RTE环的核苷酸序列以灰色显示；长变异体环中多余的核苷酸以黑色显示。（B） M20促进细胞核的RNA输出*X·莱维斯*卵母细胞核。生成了不含插入物（Ad）、RTE或M20的腺病毒前mRNA。注射后*X·莱维斯*如图3图例所示，分析带有放射性标记前体RNA、细胞质（C）和核（N）组分的卵母细胞核。

**图6。**
SL IV的茎结构分析。（A）突变体M7包含远端茎的缺失（装箱）。（B）显微注射M7的RNA输出*X·莱维斯*卵母细胞核。将含有RTE或M7的腺病毒前mRNA注入细胞核，并按照图3图例所示分析总（T）、核（N）和细胞质（C）组分。（C） SL IV中的补偿性改变旨在改变一级序列，但保留碱基对结构。图中显示了M21、M22和M24的更改区域（方框）。突变核苷酸以粗体显示。（D）微注射M21、M22和M24的RNA输出*X·莱维斯*卵母细胞核。将缺乏（Ad）或含有RTE或RTE突变体的腺病毒前mRNA注射到细胞核中，并按照图3图例所示分析细胞核和细胞质部分。

**图7。**
RTE中间区域发生变化的突变体。（A）方框区域表示突变区域，粗体字母表示所示RTE突变体中的核苷酸变化。M30包含10个G-C碱基对的插入。（B）指示RTE突变体的RNA输出*X·莱维斯*卵母细胞核。将缺乏（Ad）或含有RTE或RTE突变体的腺病毒前mRNA注射到细胞核中，并按照图3图例所示分析细胞核（N）和细胞质（C）部分。

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1. Ahmed、Y.F.、S.M.Hanly、M.H.Malim、B.R.Cullen和W.C.Greene。1990年。HTLV-I Rex和HIV-1 Rev RNA反应元件的结构-功能分析：了解Rex和Rev功能的机制。基因发育4:1014-1022。-公共医学
1. Bogerd、H.P.、H.L.Wiegand、J.Yang和B.R.Cullen。2000.人类内源性逆转录病毒K.J.病毒编码的Rev同源物中功能域的突变定义。74:9353-9361.-项目管理咨询公司-公共医学
1. Braun，I.、E.Rohrbach、C.Schmitt和E.Izaurralde。TAP通过一个新的RNA-结合基序与构成运输元件结合，该基序足以促进CTE依赖的RNA从细胞核输出。EMBO期刊18:1953-1965。-项目管理咨询公司-公共医学
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[1] Ahmed、Y.F.、S.M.Hanly、M.H.Malim、B.R.Cullen和W.C.Greene。1990年。HTLV-I Rex和HIV-1 Rev RNA反应元件的结构-功能分析：了解Rex和Rev功能的机制。基因发育4:1014-1022。-公共医学

[2] Ahmed、Y.F.、S.M.Hanly、M.H.Malim、B.R.Cullen和W.C.Greene。1990年。HTLV-I Rex和HIV-1 Rev RNA反应元件的结构-功能分析：了解Rex和Rev功能的机制。基因发育4:1014-1022。-公共医学

[3] Bogerd、H.P.、H.L.Wiegand、J.Yang和B.R.Cullen。2000.人类内源性逆转录病毒K.J.病毒编码的Rev同源物中功能域的突变定义。74:9353-9361.-项目管理咨询公司-公共医学

[4] Bogerd、H.P.、H.L.Wiegand、J.Yang和B.R.Cullen。2000.人类内源性逆转录病毒K.J.病毒编码的Rev同源物中功能域的突变定义。74:9353-9361.-项目管理咨询公司-公共医学

[5] Braun，I.、E.Rohrbach、C.Schmitt和E.Izaurralde。TAP通过一个新的RNA-结合基序与构成运输元件结合，该基序足以促进CTE依赖的RNA从细胞核输出。EMBO期刊18:1953-1965。-项目管理咨询公司-公共医学

[6] Braun，I.、E.Rohrbach、C.Schmitt和E.Izaurralde。TAP通过一个新的RNA-结合基序与构成运输元件结合，该基序足以促进CTE依赖的RNA从细胞核输出。EMBO期刊18:1953-1965。-项目管理咨询公司-公共医学

[7] Bray，M.、S.Prasad、J.W.Dubay、E.Hunter、K.-T.Jeang、D.Rekosh和M.-L.Hammarskjold。1994年，来自Mason-Pfizer猴病毒基因组的一个小元素使人类免疫缺陷病毒1型的表达和复制呈Rev-independent。程序。国家。阿卡德。科学。美国91:1256-1260。-项目管理咨询公司-公共医学

[8] Bray，M.、S.Prasad、J.W.Dubay、E.Hunter、K.-T.Jeang、D.Rekosh和M.-L.Hammarskjold。1994年，来自Mason-Pfizer猴病毒基因组的一个小元素使人类免疫缺陷病毒1型的表达和复制呈Rev-independent。程序。国家。阿卡德。科学。美国91:1256-1260。-项目管理咨询公司-公共医学

[9] Ciesiolka，J.、D.Michalowski、J.Wrzesinski、J.Krajewski和W.J.Krzyzosiak。1998年，铅离子在特定RNA二级结构基序中诱导的裂解模式。分子生物学杂志。275:211-220.-公共医学

[10] Ciesiolka，J.、D.Michalowski、J.Wrzesinski、J.Krajewski和W.J.Krzyzosiak。1998年，铅离子在特定RNA二级结构基序中诱导的裂解模式。分子生物学杂志。275:211-220.-公共医学

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