Inferring combinatorial regulation of transcription in silico

doi:10.1093/nar/gki167

.2005年1月12日；33(1):272-9.

doi:10.1093/nar/gki167。 2005年印刷。

推断硅片中转录的组合调控

尼尔斯·布吕特根¹, Szymon M Kiełbasa公司, 汉斯彼得·赫泽尔

附属公司

PMID： 15647509
预防性维修识别码：项目编号：546154
内政部： 10.1093/nar/gki167

推断计算机中转录的组合调控

尼尔斯·布吕特根等。核酸研究. 2005.

.2005年1月12日；33(1):272-9.

doi:10.1093/nar/gki167。 2005年印刷。

作者

尼尔斯·布吕特根¹, Szymon M Kiełbasa公司, 汉斯彼得·赫泽尔

附属

¹洪堡大学理论生物学研究所，德国柏林10115，43。

PMID： 15647509
预防性维修识别码：第546154页
内政部： 10.1093/nar/gki167

摘要

在本文中，我们提出了一个关于转录调控的电子预测的功能观点。我们提出了一种预测由转录因子组合相互作用调节的生物功能的方法。使用严格的统计数据，该方法将基因上游序列中转录因子结合位点的存在与与这些基因相关的基因本体术语交叉。我们证明，对于一组经过充分研究的骨骼肌相关转录因子Myf-2、Mef和TEF，可以预测其正确的功能。此外，从脂多糖刺激后表达的基因的特征良好的启动子开始，我们预测该刺激的功能靶点。这些结果与微阵列数据非常一致。

PubMed免责声明

数字

图1
我们方法中的数据流：使用Cluster-Buster算法，我们搜索假定启动子区域中的结合位点簇。然后将启动子中具有簇的基因列表传递给GOSSIP，GOSSIP使用基因本体检测与生物过程的关联。报告了显著相关的过程。

图2
已知调节肌肉特异性基因表达的转录因子Mef-2、Myf和TEF组的结果（14）。黑色和灰色方框对应预测目标基因内基因本体的显著过度表达生物过程【FDR阈值分别≤0.01和FDR阈值≤0.05】。菱形显示了生物过程的根节点。(一)分析复杂性的一个例证：在所有655个指定给具有预测结合位点簇的基因的术语的上下文中绘制的过度代表术语。(b条)强调所有明显过度代表的术语的片断。

图3
黑色和灰色方框表示显著相关的生物过程[FDR分别≤0.01和FDR≤0.05](一)我们的方法预测的转录因子CREB、CEBP、p50/p65、Sp-1、ETS和AP1的集合；(b条)单核细胞LPS刺激后上调基因（来自细胞信号联盟的微阵列数据）。

图4
所有基因的微阵列数据集中平均倍数变化的归一化累积直方图（开放条），其中Cluster Buster检测到一簇结合位点的基因（灰色条），以及在用基因本体论进行额外过滤后（封闭条）。

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[1] Cawley S.、Bekiranov S.、Ng H.H.、Kapranov P.、Sekinger E.A.、Kampa D.、Piccolboni A.、Sementchenko V.、Cheng J.、Williams A.J.等人。转录因子结合位点沿人类染色体21和22的无偏映射表明非编码RNA的广泛调控。单元格。2004;116:499–509.-公共医学

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[10] Kielbasa S.M.、Blüthgen N.、Sers C.、Schäfer R.、Herzel H.共同调控基因顺调控元件的预测。基因组信息学。2004;15:117–124.-公共医学

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