NCBI GEO: mining millions of expression profiles--database and tools

doi:10.1093/nar/gki022

.2005年1月1日；33（数据库问题）:D562-6。

doi:10.1093/nar/gki022。

NCBI GEO：挖掘数百万个表达式配置文件——数据库和工具

坦尼亚·巴雷特¹, Tugba O Suzek公司, 丹尼斯·B·特劳普, 斯蒂芬·E·威尔希特, Wing-Chi Ngau公司, 皮埃尔·勒杜, 德米特里·鲁德涅夫, 亚历克斯·E·拉什, 藤崎和太郎, 罗恩·埃德加

附属公司

PMID： 15608262
预防性维修识别码：项目编号539976
内政部： 10.1093/nar/gki022

NCBI GEO：挖掘数以百万计的表达式配置文件——数据库和工具

坦尼亚·巴雷特等。核酸研究. 2005.

.2005年1月1日；33（数据库问题）:D562-6。

doi:10.1093/nar/gki022。

作者

坦尼亚·巴雷特¹, Tugba O Suzek公司, 丹尼斯·B·特鲁普, 斯蒂芬·E·威尔希特, Wing-Chi Ngau公司, 皮埃尔·勒杜, 德米特里·鲁德涅夫, 亚历克斯·E·拉什, 藤崎和太郎, 罗恩·埃德加

附属

¹美国马里兰州贝塞斯达中心路45号国立卫生研究院国家医学图书馆国家生物技术信息中心。

PMID： 15608262
预防性维修识别码：项目编号539976
内政部： 10.1093/nar/gki022

摘要

国家生物技术信息中心（NCBI）的基因表达综合数据库（GEO）是最大的高通量分子丰度数据（主要是基因表达数据）的完全公共存储库。该数据库具有灵活开放的设计，允许提交、存储和检索多种数据类型。这些数据包括基于微阵列的实验，测量mRNA、基因组DNA和蛋白质分子的丰度，以及基于非阵列的技术，如基因表达的序列分析（SAGE）和质谱蛋白质组技术。GEO目前持有30000多份提交材料，代表100多种生物的约5亿个个体分子丰度测量结果。在这里，我们描述了最近的数据库开发，这些开发有助于有效挖掘和可视化这些数据。提供了一些功能，以使用用户友好的基于Web的界面从实验和基因中心的角度检查数据，这些界面可供那些没有计算或微阵列相关分析专业知识的人使用。GEO数据库可通过万维网公开访问，网址为http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo。

PubMed免责声明

数字

图1
GEO平台、示例、数据集和配置文件之间的关系示意图。对于平台上的每个基因（例如基因a），会生成多个样本测量值（样本1–样本3）。相关样本构成一个数据集，从中生成多个单独的基因配置文件实体。

图2
GEO网络截图的选择以及它们之间的链接方式。(A类)GEO剖面检索结果；每个实体包括序列标识符和数据集信息，以及缩略图配置文件图像。缩略图上方提供了指向其他Entrez数据库或相关配置文件的链接。(B类)扩展的剖面图描述了GEO数据集中每个样本中一个基因的值（红色条）和等级（蓝色条）信息。实验子集分组反映在图表底部的标签中。(C类)数据集记录包括实验摘要信息、数据集子集分类和访问数据挖掘功能，如分层群集热图和“查询子集A与B”工具。(D类)通过非中心相关系数/平均链接选项计算的DataSet分层簇热图。使用红色图像裁剪框选择感兴趣的区域，然后展开以查看样本和基因注释、下载、绘制为线条图，或直接链接到相应的Entrez GEO Profiles记录。

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