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.2004年12月12日；20(18):3710-5.
doi:10.1093/bioinformatics/bth456。 Epub 2004年8月5日。

GO:：TermFinder——用于访问基因本体信息和查找与基因列表相关的显著丰富的基因本体术语的开源软件

伊丽莎白·博伊尔 1, 帅翁, 杰里米·戈卢布, 恒进, 大卫·伯特斯坦, J迈克尔·切里, 加文·夏洛克
附属公司

GO:：TermFinder——用于访问基因本体信息和查找与基因列表相关的显著丰富的基因本体术语的开源软件

伊丽莎白·博伊尔等。 生物信息学. .

摘要

总结：TermFinder包含一组面向对象的Perl模块，用于访问基因本体（GO）信息，并评估和可视化GO术语的基因列表的集合注释。它可以用于从微阵列和其他生物数据中得出结论，计算每个注释的统计显著性。可以在任何可以运行Perl的系统上使用GO:：TermFinder，它可以作为命令行应用程序、单个或批处理模式，也可以作为基于web的CGI脚本。

可利用性：GO:：TermFinder的完整源代码和文档可从免费获得http://search.cpan.org/dist/GO-TermFinder/。

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数字

图1
图1
GO架构的简化UML图：：TermFinder和相关模块。由抽象基类GO:：OntologyProvider定义的公共方法由具体子类实现，例如我们编写的GO:：OntologyProvider:：OntologyParser类，返回单个GO:：Node或GO:：Node实例数组。显示了GO:：Node公共接口的子集，说明了查询GO:：节点属性以及遍历GO结构的各种方法。
图2
图2
可视化GO:：TermFinder的输出。GO图布局，包括由“蛋氨酸簇”注释的重要GO节点，其中包含ICY2、MET11、MXR1、SAM3、MET28、STR3、MMP1、MET1、SER33、MHT1、MET14、MET16、MET3、MET10、ECM17、MET2、MUP1和MET6。节点的颜色表示其Bonferroni修正对-数值（橙色<=1e-10；黄色1e-10至1e-8；绿色1e-8至1e-6；青色1e-6至1e-4；蓝色1e-4至1e-2；棕色>0.01）。
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