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.2004年5月28日；279(22):23262-6.
doi:10.1074/jbc。M401932200。 Epub 2004年3月23日。

基于氨基酸组成和二肽组成的核受体分类

马诺伊·巴辛 1, Gajendra P S Raghava公司
附属机构
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基于氨基酸组成和二肽组成的核受体分类

马诺伊·巴辛等。 生物化学杂志. .
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摘要

核受体是调节负责细胞生长、分化和内环境稳定的关键基因网络的关键转录因子。核受体形成一个与系统发育相关的蛋白质超家族，并具有与主要疾病（如糖尿病、骨质疏松症和癌症）相关的控制功能。在这项研究中，开发了一种新的方法来分类核受体亚家族。利用支持向量机，根据受体序列的氨基酸和二肽组成进行分类。对从NucleaRDB数据库（1）中获得的282个蛋白质的非冗余数据集进行训练和测试。所有分类器的性能通过5倍交叉验证测试进行评估。在5倍交叉验证中，数据集被随机分为五个相等的集，并在每个不同的集上评估五次，同时保留其余四个集进行训练。研究发现，不同的核受体亚家族在氨基酸组成和二肽组成方面密切相关。基于氨基酸组成的分类器和基于二肽组成的分类器的总准确率分别为82.6%和97.5%。因此，我们的结果证明，使用氨基酸或二肽组成可以相当准确地预测核受体的不同亚家族。此外，基于上述方法，开发了在线web服务NRpred，可在www.imtech.res.in/raghava/NRpred上获得。

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