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2004年2月12日;20(3):307-15.
doi:10.1093/bioinformatics/btg405。

affy——Affymetrix基因芯片数据的探针级分析

附属公司

affy——Affymetrix基因芯片数据的探针级分析

劳伦特·戈蒂埃等。 生物信息学

摘要

动机:Affymetrix基因芯片数据的处理是数据分析人员最近关注的焦点。已经提出了原始程序的替代方案,其中一些新方法被广泛使用。

结果:affy软件包是Affymetrix公司生产的用于分析寡核苷酸阵列的功能和类的R软件包。该软件包目前处于第二版,affy为用户提供了进行分析时的极大灵活性,并使其能够访问和操作探针强度数据。在本文中,我们介绍了包中的主要类和函数,并演示了如何使用它们来处理probelevel数据。我们还演示了在使用Affymetrix基因芯片平台时进行探针级分析的重要性。

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