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比较研究
.2004年5月1日;20(7):1170-7.
doi:10.1093/bioinformatics/bth059。 Epub 2004年2月5日。

人类基因组中CpG岛作为基因标记新标准的评价

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比较研究

人类基因组中CpG岛作为基因标记新标准的评价

王勇(音)等。 生物信息学. .
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摘要

动机:最近,针对CpG岛引入了更严格的标准,以排除Alu重复序列,从而能够识别出更多与基因相关的CpG岛屿。使用这些新标准,研究了CpG岛和基因之间的几种关联,以进一步确定CpG岛屿作为基因标记的重要性。

结果:CpG岛由CpGIE搜索,这是一个为CpG岛屿识别而开发的java软件程序。与其他工具相比,CpGIE在识别准确性方面有所进步。根据我们的结果,大约70%的CpG岛与人类基因相关,其中一半以上位于启动子中。此外,对已确认基因模型中的基因进行的研究表明,其中56%的基因具有与转录起始位点重叠的CpG岛。相比之下,发现新标准能够过滤基因内公认标准确定为CpG岛的大部分Alu重复序列,但与启动子相关的CpG岛屿很少受到影响。预测基因模型中的基因与CpG岛没有明显关联,这表明CpG岛屿可以用于评估基因注释的准确性。

可利用性:http://bioinfo.hku.hk/cpgieintro

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