Public access for teaching genomics, proteomics, and bioinformatics

doi:10.1187/cbe.03-02-0007

.2003年夏季；2(2):98-111.

doi:10.1187/cbe.03-02-0007。

公开教授基因组学、蛋白质组学和生物信息学

马尔科姆·坎贝尔¹

附属公司

PMID： 12888845
预防性维修识别码： PMC162192
内政部： 10.1187/cbe.03-02-0007

基因组学、蛋白质组学和生物信息学教学的公共途径

马尔科姆·坎贝尔. 细胞生物学教育. 2003年夏季.

.2003年夏季；2(2):98-111.

doi:10.1187/cbe.03-02-0007。

作者

马尔科姆·坎贝尔¹

附属

¹美国北卡罗来纳州戴维森7118号信箱，戴维森学院生物系，28035-7118。macampbell@davidson.edu

PMID： 12888845
预防性维修识别码： PMC162192
内政部： 10.1187/cbe.03-02-0007

摘要

当人类基因组计划被构想出来时，其领导人希望所有研究人员都能平等地获得数据和相关的研究工具。他们平等入学的愿景提供了前所未有的教学机会。教师和学生可以自由访问研究人员正在使用的相同数据库。此外，最近开展的免费提供科学出版物的运动为教学提供了第二个最新信息来源。我开发了一门基因组学课程，其中包含了许多公共领域数据库、研究工具和同行评议的期刊。这些在线资源为学生提供了进入基因组学、蛋白质组学和生物信息学新领域的令人兴奋的入门课程。在这篇文章中，我概述了这些领域如何特别适合纳入本科课程。评估数据表明，我的学生能够利用在线信息来实现课程的教育目标，并且这种经历积极影响了他们对自己如何为生物学做出贡献的看法。

PubMed免责声明

数字

图1
学生使用互联网访问在线数据库并解释信息。学生们被分配了开放式作业，要求他们从动态网站中挖掘数据。

图2
学生使用3D眼镜可视化蛋白质结构。这些护目镜与通过X射线和核磁共振研究确定蛋白质结构的研究人员使用的护目镜相同。

图3
可用于测试的图形示例。这张图来自一篇DNA微阵列论文，显示了小鼠基因表达的发育控制*黑腹果蝇*（经阿尔贝特曼许可转载，等。, 2002.科学类. 297: 2270–2275. 读者只能出于临时复制目的查看、浏览和/或下载材料，前提是这些用途是出于非商业性个人目的。除非法律另有规定，未经出版商事先书面许可，不得进一步复制、分发、传播、修改、改编、表演、展示、出版或出售全部或部分本材料。）

图4
使用Kyte–Doolittle方法和11-氨基酸窗口生成的人类水通道蛋白的水疗图。用于生成此图的perl程序是由计算生物学课程中的学生编写的。经允许使用http://www.bio.davidson.edu/courses/compbio/flc/sample_plots.html.

图5
一名学生从酵母基因组中选择了这两个相邻基因进行进一步研究的网页截图。注释基因AUS1和非注释基因YOR012W位于染色体图中心附近的顶链和右侧（参见完整的网站www.bio.davidson.edu/Courses/genomics/2002/Shafer/favorite_gene.htm).

图6
来自expression Connection的DNA微阵列表达数据（表1）。一名学生提交了他的注释基因（A）和非注释基因（B），以确定他们的表达模式是否相似，正如他根据他们的染色体亲缘关系预测的那样。基因KGD1被轻微抑制（绿色方框），随后被诱导（红色方框），而ORF YIL127C被最小诱导，随后在这个时间过程中被大量抑制。与学生的两个基因聚集在一起的基因集没有共同的成员，也没有共同的生物过程。

图7
学生打印中间步骤的示例使我能够识别数据库搜索中的模糊性（BLAST；有关更多信息，请参阅附录A）。（A）测序学生用来确定从哪个基因中提取序列。（B） BLAST结果的屏幕截图显示了两个非常相似的点击（红线）。（C）计算三次最佳点击的E值。（D）染色体图显示用于提取序列的ORF（YLR343W）和上游基因（FSK1）非常接近。

图8
评估2002年基因组学课程的学生学习成果。入学考试（附录B）在上课的第一天进行，同样的毕业考试在上课的最后一天进行。最高得分为4分。所有11名学生都完成了这两项考试。误差条表示95%的置信区间。

请参阅PMC中的此图像和版权信息

类似文章

描述生物信息学教育和生物信息学教学研究领域的学术文献综述。
Magana AJ、Taleyarkhan M、Alvarado DR、Kane M、Springer J、Clase K。 Magana AJ等人。 CBE生命科学教育。2014年冬季；13(4):607-23. doi:10.1187/cbe.13-10-0193。 CBE生命科学教育。2014 PMID：25452484 免费PMC文章。审查。
非数学专业分子系统生物学方面独特的大规模本科生研究经验。
Kappler U、Rowland SL、Pedwell RK。 Kappler U等人。生物化学分子生物学教育。2017年5月；45(3):235-248. doi:10.1002/bmb.21033。Epub 2016年12月28日。生物化学分子生物学教育。2017 PMID：28032403
“在职”学习：一门生物信息学课程，将本科生纳入实际研究项目和手稿提交中。
Smith JT、Harris JC、Lopez OJ、Valverde L、Borchert GM。 Smith JT等人。生物化学分子生物学教育。2015年5月-6月；43(3):154-61. doi:10.1002/bmb.20848。Epub 2015年1月30日。生物化学分子生物学教育。2015 PMID：25643604
在比勒费尔德大学生物信息学服务器上开设了两门交互式生物信息学课程。
Sczyrba A、Konermann S、Giegerich R。 Sczyrba A等人。简要生物信息。2008年5月；9(3):243-9. doi:10.1093/bib/bbm063。Epub 2008年1月16日。简要生物信息。2008. PMID：18199576 审查。
在本科生细胞生物学课程中纳入生物信息学的发展策略。
霍茨JE。霍茨JE。细胞生物学教育。2003年冬季；2(4):233-47. doi:10.1187/cbe.03-06-0026。细胞生物学教育。2003 PMID：14673489 免费PMC文章。

查看所有类似文章

引用人

海洋生物技术的生物信息学工具：元基因组方法的实用教程。
Liguori L、Monticelli M、Allocca M、Cubellis MV、Hay Mele B。 Liguori L等人。 BMC生物信息学。2020年8月21日；21（补充10）：348。doi:10.1186/s12859-020-03560-z。 BMC生物信息学。2020 PMID：32838733 免费PMC文章。
设计学习体验的十条简单规则涉及增强计算生物学维基百科文章。
Kilpatrick AM、Anjum A、Welch L。 Kilpatrick AM等人。公共科学图书馆计算生物学。2020年5月14日；16（5）：e1007868。doi:10.1371/journal.pcbi.1007868。eCollection 2020年5月。公共科学图书馆计算生物学。2020 PMID：32407308 免费PMC文章。没有可用的摘要。
介绍性生物实验室中使用的生物信息学模块。
Alaie A、Teller V、Qiu WG。 Alaie A等人。 Am Biol教学。2012年5月；74(5):318-322. doi:10.1525/abt.2012.74.5.6。 Am Biol教学。2012 PMID：30327576 免费PMC文章。
你喜欢你的科学，湿的还是干的？两个实验室的经历如何影响学生对科学概念的理解和对真实科学实践的感知。
Munn M、Knuth R、Van Horne K、Shouse AW、Levias S。 Munn M等人。 CBE生命科学教育。2017年夏季；16（2）：第39页。doi:10.1187/cbe.16-04-0158。 CBE生命科学教育。2017 PMID：28572181 免费PMC文章。
描述生物信息学教育和生物信息学教学研究领域的学术文献综述。
Magana AJ、Taleyarkhan M、Alvarado DR、Kane M、Springer J、Clase K。 Magana AJ等人。 CBE生命科学教育。2014年冬季；13(4):607-23. doi:10.1187/cbe.13-10-0193。 CBE生命科学教育。2014 PMID：25452484 免费PMC文章。审查。

查看所有“被引用”文章

工具书类

1. Allen D.，Tanner K.细胞生物学教学方法：关于问题的问题。细胞生物学教育。2002;1:63–67.-项目管理咨询公司-公共医学
1. Arbeitman M.N.、Furlong E.E.M.、Imam F.、Johnson E.、Null B.H.、Baker B.S.、Krasnow M.A.、Scott M.P.、Davis R.W.、White K.P.果蝇生命周期中的基因表达。科学。2002;297:2270–2275.-公共医学
1. Bloom B.S.、Englehart M.D.、Furst E.J.、Hill W.H.、Krathwohl D.R.《教育目标分类：手册1：认知领域》。麦凯；纽约：1956年。
1. Boutanaev A.M.、Kalmykova A.I.、Shevelyov Y.Y.、Nurminsky D.I.果蝇基因组中的大簇共表达基因。自然。2002;420:666–669.-公共医学
1. Campbell A.M.、Heyer L.J.发现基因组学、蛋白质组学和生物信息学。冷泉港实验室出版社和本杰明·卡明斯；纽约州冷泉港和旧金山：2003年。

出版物类型

行动

LinkOut-更多资源

全文源
- 欧洲PubMed Central
- 公共医学中心

[1] Allen D.，Tanner K.细胞生物学教学方法：关于问题的问题。细胞生物学教育。2002;1:63–67.-项目管理咨询公司-公共医学

[2] Allen D.，Tanner K.细胞生物学教学方法：关于问题的问题。细胞生物学教育。2002;1:63–67.-项目管理咨询公司-公共医学

[3] Arbeitman M.N.、Furlong E.E.M.、Imam F.、Johnson E.、Null B.H.、Baker B.S.、Krasnow M.A.、Scott M.P.、Davis R.W.、White K.P.果蝇生命周期中的基因表达。科学。2002;297:2270–2275.-公共医学

[4] Arbeitman M.N.、Furlong E.E.M.、Imam F.、Johnson E.、Null B.H.、Baker B.S.、Krasnow M.A.、Scott M.P.、Davis R.W.、White K.P.果蝇生命周期中的基因表达。科学。2002;297:2270–2275.-公共医学

[5] Bloom B.S.、Englehart M.D.、Furst E.J.、Hill W.H.、Krathwohl D.R.《教育目标分类：手册1：认知领域》。麦凯；纽约：1956年。

[6] Bloom B.S.、Englehart M.D.、Furst E.J.、Hill W.H.、Krathwohl D.R.《教育目标分类：手册1：认知领域》。麦凯；纽约：1956年。

[7] Boutanaev A.M.、Kalmykova A.I.、Shevelyov Y.Y.、Nurminsky D.I.果蝇基因组中的大簇共表达基因。自然。2002;420:666–669.-公共医学

[8] Boutanaev A.M.、Kalmykova A.I.、Shevelyov Y.Y.、Nurminsky D.I.果蝇基因组中的大簇共表达基因。自然。2002;420:666–669.-公共医学

[9] Campbell A.M.、Heyer L.J.发现基因组学、蛋白质组学和生物信息学。冷泉港实验室出版社和本杰明·卡明斯；纽约州冷泉港和旧金山：2003年。

[10] Campbell A.M.、Heyer L.J.发现基因组学、蛋白质组学和生物信息学。冷泉港实验室出版社和本杰明·卡明斯；纽约州冷泉港和旧金山：2003年。

将引文保存到文件

电子邮件引文

添加到集合

添加到我的书目

您保存的搜索

为外部引文管理软件创建文件

您的RSS源

公开教授基因组学、蛋白质组学和生物信息学

附属

基因组学、蛋白质组学和生物信息学教学的公共途径

作者

附属

摘要

数字

类似文章

引用人

工具书类

出版物类型

MeSH术语

LinkOut-更多资源

全文源

摘要

数字

类似文章

引用人

工具书类

出版物类型

MeSH术语

相关信息

LinkOut-更多资源

全文源