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.2003年3月18日；100(6):3251-6.
doi:10.1073/pnas.2627983100。 Epub 2003年3月7日。

衰老特异性基因表达指纹揭示了上调染色体基因座的细胞类型依赖性物理聚类

Hong Zhang（张红） 1, Kuang-Hung Pan公司, 斯坦利·科恩
附属机构

衰老特异性基因表达指纹揭示了上调染色体位点的细胞类型依赖性物理聚类

Hong Zhang（张红）等。 美国国家科学院程序. .

摘要

复制性衰老是伴随端粒进行性缩短而发生的不可逆增殖停滞状态。通过使用cDNA微阵列和计算机程序的gabriel系统应用领域特异性和程序性知识进行数据分析，我们研究了人类成纤维细胞和乳腺上皮细胞（HMEC）复制性衰老过程中基因转录的整体变化。在这里，我们报告了衰老特有的转录“指纹”的鉴定，发现成纤维细胞和HMEC在衰老过程中的基因表达扰动差异很大，并且发现尽管成纤维细胞与HMEC中受衰老影响的染色体位点性质不同，这两种细胞中上调的基因座都显示出物理聚集性。这种聚集性与衰老期间下调或可逆增殖停滞（即静止）期间上调的基因的随机分布形成对比，支持复制衰老与染色质结构改变有关的观点。

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数字

图1
图1
在衰老或静止期间，人类成纤维细胞转录发生改变的基因。生物过程(A类)和蜂窝位置(B类)显示了与带有基因本体注释的基因产品相关联的。括号中给出了每组中的基因数。随机事件导致群体中基因富集的可能性(P（P）值）用星号表示：*，P（P）<0.05；**，P（P）< 0.01; ***,P（P）< 0.001.
图2
图2
成纤维细胞基因的染色体簇在衰老过程中特异性上调。(A类)通过将每个染色体上的上调基因除以该染色体上具有满足过滤参数的测量值的总基因，获得每个染色体上的人成纤维细胞中具有在衰老期间特异性上调的表达的基因的归一化数量(材料和方法). (B类)将每个染色体上的染色体基因簇和簇基因的数量与包含相同数量基因的随机选择列表中估计的平均值进行比较。P（P）数值极限用星号表示：*，P（P）<0.05；**，P（P）< 0.01; ***,P（P）< 0.001.
图3
图3
在成纤维细胞（F）或两个HMEC系的复制性衰老过程中，基因的染色体分布普遍上调。黑线表示上调基因的染色体位置，红线表示基因簇。
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